【原】FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库

FactorBook整合了ENCODE数据库中人和小鼠的chip_seq数据，以转录因子为中心，进行了转录因子motif分析, 与其他转录因子或者组蛋白修饰的关联分析，数据库网址如下

http://www./mouse/chipseq/tf/

在首页以矩阵的形式展现了数据分布，每一行代表一种转录因子，每一列代表一种细胞系，截图示意如下

1. Function

展示了refseq和wikipedia数据库中对该基因功能的描述，示意如下

同时还提供了PDB,GO等数据库的超链接，方便查相关信息，示意如下

2. Histone Profiles

对于转录因子的chip_seq数据，我们通常会分析在TSS位点两侧的富集情况。这部分内容将转录因子peak的中心区域当做TSS, 看组蛋白修饰的数据在转录因子peak中心区域的富集情况，结果示意如下

不同颜色代表不同的组蛋白修饰

3. Motif Enrichment

对于每批数据，选取top500的peak, 提取peak中心上下游各50bp的序列，采用meme进行motif分析，最多输出5个motif, 结果如下

4. Histone Heatmap

以转录因子的peak区域作为基础，分析不同组蛋白修饰在这些区域的定量结果，并绘制热图，示意如下

同时根据这些区域的定量结果，计算转录因子和组蛋白修饰的相关性。

5.  TF heatmap

和Histone heatmap的原理一样，只不过是在多种转录因子之间进行分析，结果示意如下

FactorBook在ENCDOE数据的基础上进行了深入分析和挖掘，其研究多种TF，TF和组蛋白修饰之间的关联分析的思路值得我们借鉴。

·end·