【原】使用circRNA_finder识别环状RNA

circRNA_finder是一款环状RNA预测软件，在对果蝇的研究中采用该软件进行了环状RNA的预测，该软件的源代码托管在github上，网址如下

https://github.com/orzechoj/circRNA_finder

软件的安装比较简便，直接下载解压就可以了，需要注意的是，该软件依赖以下几个软件

1. perl

2. awk

3. STAR

4. samtools

其中samtools的版本必须是低于1.0的版本，因为两个版本samtools sort的用法有变化。软件的使用包含如下两个步骤

1. STAR比对参考基因组

STAR是一款转录组数据的比对软件，其支持嵌合体的比对方式，也就是说支持一条reads的两个部分比对到不同的基因组区域，而环状RNA的junction reads就是符合这样的要求，代码如下

STAR --genomeDir hg19_star_db/ --readFilesCommand gunzip -c --readFilesIn R1.fastq.gz R2.fastq.gz --runThreadN 4 --chimSegmentMin 20 --chimScoreMin 1 --alignIntronMax 500000 --outFilterMismatchNmax 4 --alignTranscriptsPerReadNmax 100000 --twopassMode Basic --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --chimOutType SeparateSAMold --outFilterMultimapNmax 2 --outFileNamePrefix C1

虽然软件提供了一个名为runStar.pl的脚本，但是由于STAR的版本问题，使用起来并不方便。该脚本本质上是对STAR的封装，直接用STAR就好了，参数设置可以参考脚本中的设置。

2.  运行circRNA_finder

第二步就是预测环状RNA,代码如下

perl postProcessStarAlignment.pl --starDir star_out_dir --minLen 100 --outDir output_dir

运行完成之后，会三个文件,对应的后缀如下所示

1. _filteredJunctions.bed

2. _s_filteredJunctions.bed

3. _s_filteredJunctions_fw.bed

第一个文件为所有环状RNA的结果文件；第二个文件为剪切位点符合GT-AG剪切信号的环状RNA；第三个文件和第二个文件的环状RNA相同，只不过新增了环状RNA连接点附近的线性RNA平均测序深度信息。通常情况下，我们选择第二个文件的结果作为最终的环状RNA预测结果，该文件内容示意如下

每一行代表一个环状RNA,第一列代表染色体编号，第二列和第三列分别代表起始和终止位置，第四列代表name,这里用数字编号加上字母s表示，第五列代表环状RNA的junction reads数目,也就是表达量，第六列代表正负链信息。

·end·