SMART是蛋白结构域的数据库,该数据库最新版本为v8,收录了1300多个蛋白结构域信息,覆盖了来自uniprot, ensembl等多个数据库的蛋白。官网如下
该数据库有以下两种模式
两种模式可以通过 通过右上角的 输入uniprot或者ensembl 数据库中的蛋白ID进行检索,示例如下,根据uniprot数据库中的蛋白ID
检索页面包含如下结果 1. domian 结构图从图中,可以看出,该蛋白质包括以下5种domain
还提供了每个结构域的位置信息 2. 蛋白质相互作用提供了来自STRING数据库的蛋白相互作用信息,示意如下 3. pathway 信息提供了Metabolic pathway 和 Kegg pathway 两个数据库的通路注释信息,示意如下 4. orthology group 注释提供了来自eggNOG数据库的注释信息,示意如下 5. 转录后修饰提供了来自PTM数据库的转录后修饰信息,示意如下 按照 ·end· |
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