RepeatMasker软件用于查找基因组上的重复序列,默认情况下,会将重复序列原有的碱基用N代替,从而达到标记重复序列的目的。除此之外,也可以采用将重复序列转换为小写或者直接去除的方式,来标记重复序列。 该软件将输入的DNA序列与Dfam和Repbase数据库中已知的重复序列进行比对,从而识别输入序列中的重复序列。在比对时,支持以下多款软件
任选其中一个即可。官方提供了在线服务,网址如下
在 当然也可以下载软件到本地运行,安装过程如下 wget http://www./RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz
tar xzvf RepeatMasker-open-4-0-7.tar.gz
cd RepeatMasker
perl ./configure 需要注意的是,至少需要安装上述四种比对软件中的任意一种。此外,还需要安装TRF软件,链接如下
在安装过程中需要指定比对软件和TRF软件的安装位置。 RepeatMasker -pa 5 -small -species human chrM.fa
运行完成后,会生成多个文件,后缀为 |
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