为了预防和治疗疾病,理解细胞活动至关重要。细胞活动通常是一系列蛋白质和代谢物质的动态变化过程,叫做pathway。我们常用的pathway 数据库就是KEGG pathway,除了KEGG pathway 之外,还有很多的pathway 数据库可以使用。 当我们在NCBI 上查询某个基因时,会给出对应的pathway 注释信息,比如 human 的
从图中,我们可以看到,有KEGG pathway, Wikipathway, REACTOME, Pathway Interaction Database 等数据库。 pathway 是我们对细胞活动的已知信息的体现,随着科研人员的不断努力,每年都会有新的pathway 信息大量增加,wikipathway 收录这些信息,并提供了一个免费的,易于使用的web 服务。 wikipathway 中的信息和kegg pathway 有所区别,kegg 的pathway 是跨物种的概念,而wikipathway 是针对每一个物种,收录其特定的pathway 信息。 官网的链接如下:
我们可以通过 比如说检索 在该页面,选择对应的物种,就会给出所有相关的pathway 信息。当然,我们也可以直接下载所有的pathway 信息。 点击 但是这种方式下载的是gpml 格式的文件,适合编程处理或者导入其他文件中处理。gpml 和 KEGG 的 kgml 格式差不多,保存了pathway 中的蛋白相互作用 (interaction)和 分子反应 (reaction) 信息。在这个页面的下方,还提供了其他的下载方式。 最常用的就是
对于wikipathway 的通路图而言,有两个核心概念,基因产物(gene product) 和代谢物(Metabolites )。pathway 简单理解就是一些列的酶促反应,酶是基因的产物,而酶促反应的底物和产物都可以看做是代谢物; 在通路图中, 代谢物用蓝色表示, 基因产物用黑色表示, 代谢物A 到 代谢物B 用黑色箭头链接, 催化反应的蛋白酶(基因产物)用末端为圆形的箭头链接 总结
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