可视化是数据分析中非常重要的一个环节,对于NGS分析数据的可视化,最常用的就是各种基因组浏览器了,既有UCSC, GBrowse等基于web的基因组浏览器,也有igvtools等本地化的图形界面软件。对于Hi-C数据,在前面的文章中也介绍过基于web的WashU Epigenome Browser基因组浏览器和本地化的juicebox软件。 熟练掌握其中一个软件的用法就可以满足大部分的需求了,但是作为一个生信分析的极客,总感觉还是需要一款命令行工具来提高效率。python和R都拥有非常强大的可视化能力,今天介绍一款基于python语言的软件
该软件支持可视化以下几种信息
采用该软件可视化的效果图如下 和基因组浏览器一样的展现形式,每一层为一个 1. bigwig2. bedgraph3. hic除此之后,还有 [spacer] 编辑好配置文件之后,就可以运行了,用法如下 pyGenomeTracks \
一个hi-c数据可视化的效果图如下 通过该软件,可以高效的展示hi-c数据。 ·end· |
|