CANTATAdb数据库收录了植物中的lncRNA信息,主要通过l软件预测的方式识别植物中的lncRNA, 目前包含来自39个物种共239631个lncRNA,是目前最大的植物lncRNA数据库,网址如下
通过从NCBI的SRA和EBI的ENA数据库中收集植物的RNA_seq数据,通过比对组装得到转录本序列,然后通过CNCI软件来预测lncRNA。 通过导航栏的 可以通过 第三部分为最终结果,示意如下 在该数据库中,每个转录本ID以 1. Blast2. 表达量3. 肽段预测结果4. 序列该数据库中的lncRNA信息是可以免费下载的,提供了 该数据库中收录的物种是最多的,做植物lncRNA研究的可以关注下这个数据库。 ·end· |
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