pheatmap参数:
网上有针对热图绘制的粗略讲解,但是都是参数不完整,可能不能满足所有人需求,于是手动整理了热图的全参数介绍。
mat
- 数组矩阵(要绘制热图的数据源,保证数据是numeric类型)
color
- 热图的颜色选择
- 默认:
colorRampPalette(rev(brewer.pal(n = 7, name ="RdYlBu")))(100)
break
- 用来定义数值和颜色的对应关系。可以将特定颜色和特定数值关联,如果NA则自动进行计算。如果颜色超过值的范围,超过阈值的会使用和阈值一样的颜色。
- 默认:NA
border_color
- 热图的单位元素的描边颜色,NA表示不描边
- 默认:“gray60”
cellwidth
- 热图单位元素(cell)的宽度,NA表示依据窗口自动调整
- 默认:NA
- cellheight同
scale
- 数值标准(scale)化,可以是
“row“ ,”column“ ,”none“
- 默认:“none”
cluster_rows
- 用布尔值来判定行元素是不是应该被clustered or clust object。
- 默认:TRUE
- 同理,cluster_cols决定是否应该把列clust
clustering_distance_rows
- 计算类间距的方式,
- 默认:“euclidean”(欧式距离)
- clustering_distance_cols同理
clustering_method
- cluster的途径方法(method)
- 默认:“complete”
clustering_callback
cutree_rows
- 如果使用了对行的集群,则可以指定集群个数(基于hclust),如果未使用对行集群则忽略
- 默认:NA
- cutree_col同理
treeheight_row
legend
legend_breaks
legend_labels
annotation_row
- 是否对行进行分类注释
- 默认:NA
- annotation_col同理
annotation
- deprecated parameter that currently sets the annotation_col if it is missing
- 默认:NA
annotation_colors
annotation_legend
annotation_names_row
- 布尔值表示是否在图例上显示注释名称
- 默认:TRUE
- annotation_names_col同理
drop_levels
- 是否在图例显示unused levels
- 默认:TRUE
shown_rownames
shown_colnames
main
fondsize
fontsize_row
- 行标题的字号
- 默认:fondsize
- fontsize_col同上
angle_col
display_numbers
number_format
- 显示在cell内的数字格式,例如
%.2 代表两位小数%.1e 表示指数形式...参见C语言printf函数格式
- 默认:
%.2f
fontsize_number
- 限制在Cell内的数字大小
- 默认:0.8*fontsize
gaps_row
- 当行未进行集群分析时,指示再哪里查处gap空隙
- 默认:NULL
- gaps_col同理
labels_row
- 使用行标签代替行名
- 默认:NULL
- labels_col同理
filename
- 保存的路径和文件名。支持png、pdf、tiff、bmp、jpeg
- NA
height
- 输出的图片都高度,单位:inches
- 默认:NA
- width同理
silent
- 不要画出图像(在gtable导出适用)
- FALSE
na_col
- 对NA值对应的cell填充特定颜色
- 默认:"#DDDDDD",...
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