F-seq软件发明于2008年,其作用就是peak calling, 从一堆NGS测序数据中发现有意义的位点,既适用chip-seq数据,也适用于DNase-seq的数据,官网如下
对应的文章发表在Bioinformatics杂志上,链接如下
该软件采用java语言进行开发,安装简单,使用方便,基本用法如下 fseq -o out_dir input.bed 输入文件为bed格式,保存了bam文件中reads的比对信息,也称之为TagAlign格式,在之前的文章中有详细介绍,可以通过bedtools将bam文件转换为bed格式,命令如下 bedtools bamtobed \
保存peak calling的结果,narrowpeak是最常用的文件格式。以上就是该软件的基本用法,可以说是非常的简单了。 除了基础用法外,该软件还支持DNA拷贝数的校正,分成了以下两个方面来考虑
以上两个软件生成的文件可以看做是参考基因组的background, 在官网提供了部分版本对应的数据 也可以使用对应的软件生成自己的background文件,生成之后,放到一个文件夹下,可以通过 fseq -b background_dir -o out_dir input.bed 如果不使用background文件,该软件的peak caling结果是相当多的,假阳性很高,建议根据自己的参考基因组和样本类型,建立对应的backgroun文件。 ·end· |
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