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Funrich是一个独立的软件工具，主要用于基因和蛋白质的功能丰富和相互作用网络分析。此外，分析结果可以以Venn，Bar，Column，Pie和Donut图表的形式进行图形化描述。 目前，Funrich工具被设计用来处理各种基因/蛋白质数据集。用户不仅可以对默认的后台数据库进行搜索，还可以加载定制的数据库，对其进行功能丰富分析。  总的来说，Funrich工具拥有三个不同的数据库选项，可以对其进行分析。在Funrich中，为用户提供了三个管理后端数据库的选项： 提供了一个仅供人使用的数据库，网站的手稿和常见问题部分都清楚地提供了组装细节； 用户可以从uniprot自动下载任何有机体的数据库； 用户可以构建自己的数据库，并直接使用Funrich进行丰富分析。因此，Funrich允许进行完整的数据库定制，从而允许将该工具用作丰富分析的框架，而不管所使用的数据库是什么。 Funrich数据库选项目前支持的丰富分析：生物过程、细胞成分、分子函数、蛋白质结构域、表达位点(正常组织、癌组织、细胞类型和细胞系)、生物途径、转录因子、临床概要表型术语。 下面就给大家简单举几个例子~ 首先打开首页是这样的：  附图一张（不懂的自己研究）：  随便拿几组数据进行veen 图绘制。点击veen后，点击Add dataset，在input 对话框中粘贴数据，然后点击apply。重复操作即可。  点击Veen,软件即可对几组结果进行比较。  左上角edit color，可以对圆圈颜色进行更改。save veen，可以对分析结果进行保存。  如果你要分析基因的富集分析，点击Gene enrichment,按照上述方法输入数据。然后，点击Erichment analysis,选择所需要分析的类型：比如GO分析中的分子功能、生物过程、生物通路，组织表达，蛋白功能域等等。  结果输出根据p值富集显示，但一般结果默认输出排列前六位。此时在软件右侧，可以通过勾选百分比更高的相关通路进行展示，也可以直接在输出前更改。  可以通过修改compare、fold、compare quantity、fold quantity等进行结果的展示。  也可以通过chart type，选择饼图、柱状图等等展示结果。点击save chart,同样可以对结果进行保存。  更方便的是，这些分析结果也能导出Excel，看下图是不是非常详细！  除了这些分析，FunRich还能做相互作用分析，在侧边栏我们可以看到这些基因主要通路，右键还可以看某一通路的基因和位置。 另外还能看这个基因序列中的基因在组织中的表达情况。 如果你要分析miRNA的功能富集分析，首先点击miRNA enrichment,输入数据（同上）。然后点击miRNA Enrichment，选择你需要的分析类型：Cellular component、Biological procrss、Molecular function等等。 结果输出默认前六位，在右侧可以自行调整。 点击Chart Type选择需要的图形。如饼图、条形图、柱状图等。 点击Find target，寻找miRNA的靶基因，点击Export to file导出Excel数据。 所有miRNA的靶基因： 和每个miRNA的相关靶基因： 点击Find miRNA，把基因放进去。寻找哪些基因能靶向miRNA。 所有预测到的miRNA： 和每个基因相关的 miRNA： 关于Vesiclepedia功能，点击Load data ，选择要分析的如Protein,点击Load。 选择需要的数据，点击Export list。 导出表格后你会发现，它能给你样本里能检测到的蛋白，帮助我们搜索Vesiclepedia 数据库里的数据。 是不是非常方便~ 而且这个数据库还能实时更新呢！ ID conversion 转换功能可以说是非常nice了，选择你要转换的数据直接转换即可。 选New Set： 或GeneSymbol： 好了，今天小编就介绍到这里。关于其它的功能你们可以自行研究。在公众号回复“Funrich”，即可获取软件压缩包下载地址。 · END · |
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