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Science:新冠疫情使论文激增,正改变着科学家们交流的方式

原创
2020-03-02  PaperRSS

1月22日,Dave o’ connor 和 Tom Friedrich 邀请了来自美国各地的几十位同事加入到即时通讯平台 Slack 的一个新的工作区。 两位来自威斯康星国家灵长类动物研究中心的科学家看到了一种新疾病(COVID-19)在中国出现的消息,他们意识到如果研究人员要回答一些关于灵长类动物生物学的重要问题,他们需要一个灵长类动物。 奥康纳说: “我们给一群调查人员打了电话,基本上是说: ‘嘿,我们谈谈吧。”’。 这个想法是为了协调研究,确保结果是可比的,弗里德里希补充道。 (他们将 Slack 工作区命名为武汉家族,这是嘻哈组合武唐家族的一部戏剧。)

武汉家族(Wu-han Clan)只是 COVID-19疫情如何改变科学家在快速变化的健康危机中的沟通方式的一个例子。 

在正式的同行评审开始之前,预印服务器每天都会发布大量的数据,这些数据在十年前还不存在,然后在 Slack 和 Twitter 等平台和媒体上被仔细分析。 期刊工作人员正在加班加点地工作,以便让手稿以创纪录的速度得到评论、编辑和出版。 

备受尊敬的《新英格兰医学杂志》(NEJM)在投稿后48小时内发表了一篇 COVID-19论文。 发布在 GISAID 平台上的病毒基因组---- 迄今为止已有200多个---- 被一群进化生物学家即时分析,他们在预印本和社交媒体上分享他们的系统发育树。

哈佛大学公共卫生学院的流行病学家 Marc Lipsitch 说: “这与我参与过的任何疫情爆发都有很大的不同。”。 这种紧密的沟通促进了科学家之间不同寻常的合作,结合科学进步,使得研究的进展比以往任何一次疫情爆发时都要快。 

维康信托基金会(Wellcome Trust)负责人杰里米·法拉尔(Jeremy Farrar)表示: “在6周时间里,我们获得了前所未有的知识

几年前,Lipsitch 意识到预印服务器,在同行评审之前发布研究结果,可以改变这种状况。 科学家们可以迅速发布新的数据,但仍然可以得到一些赞誉,不管这项工作最终在哪里发表。 在2018年的一篇论文中,他和其他人得出结论,在2015-16年兹卡疫情和2014-16年西非埃博拉疫情爆发期间,预印本加快了数据传播。 大多数预印本在杂志发表之前100多天就已经出版了。 但总的来说,关于这两种流行病的期刊文章中,只有不到5% 首先以预印本的形式发表。

Covid-19疫情的爆发打破了这一模式本周早些时候,已经有超过283篇论文发表在预印资料库上(见下图)而在期刊上发表的论文只有261篇。

科学家们使用预印本分享了比以往任何一次疫情爆发时都多的信息。

 发表的论文数量也在激增。

两个最大的生物医学预印服务器 bioRxiv 和 medRxiv,“目前每天都会收到大约10篇关于新型冠状病毒某些方面的论文,”运营这两个服务器的冷泉港实验室出版社的负责人 John Inglis 说。 大量论文的涌现“对我们的小团队来说是一个挑战... ... (他们)晚上和周末都要工作。”

这些工作大部分是由工作人员和外部科学家完成的,其中包括筛选提交的材料,以剔除伪科学和意见文章。 

香港大学的流行病学家福田敬二说,通过测试的手稿质量参差不齐。 “它们中的一些并不那么有用,而另一些则非常有用。” 利普西奇称之为“消防水管” 美国国家过敏与传染病研究所所长 Anthony Fauci 说,他太忙了,经常在深夜阅读预印本。 “11点钟,12点钟到了,你有25个这样的东西要读,”福奇说。 “你不能忽视它们。” 但有时候,“你真正相信的东西会让你有点困惑。”

这对于记者和广大公众来说更是难上加难。 印度科学家1月31日在 bioRxiv 上发布的一份预印本指出,导致 COVID-19的 SARS-CoV-2病毒与艾滋病毒之间存在“不可思议的”相似性,这助长了有关基因工程的阴谋论。 这篇论文在 Twitter 上得到了广泛讨论,一些新闻媒体也对其进行了报道ーー尽管一些科学家立即表示它存在缺陷。 英格利斯指出,这篇论文在48小时内收到了90条批评意见,但很快就被撤回。 (两周后发表在《新生微生物与感染》杂志上的一篇正式论文驳斥了这一发现。)

伊拉斯谟医学中心的病毒学家 Marion Koopmans 说,尽管如此,这些数据正在成为错误信息的“信息流”的一部分,科学界需要讨论如何处理这些数据。 “开放科学、开放数据已经得到了强烈的支持,”她说。 “好吧,这是开放的科学,开放的数据。 现在,我们该怎么办? ” Biorxiv 和 medRxiv 都提出了突出的通知,强调预印本信息的初步性质。 “我们敦促记者在报道中加入有关使用这些信息的警告,” Inglis 说。

尽管如此,法拉尔说,快速信息共享的好处远远大于缺点。 此外,即使是顶级期刊的发表也不能保证一个声明是正确的。 新英格兰医学杂志1月30日发表了一封同行评议的致编辑的信,信中称一名没有出现 COVID-19症状的中国妇女将病毒传染给了德国人,随后受到了严厉批评,因为事实证明,作者并没有真正与该妇女交谈。 后来的一次采访显示她有一些症状; 杂志把这些信息作为附录添加了进去。

Nejm 主编埃里克·鲁宾承认,在严格性和速度之间存在紧张关系。 他指出,该杂志对 COVID-19论文的审查过程基本上与以往相同,但要快得多。 他在一封电子邮件中写道: “如果我们有更多的时间,我们和作者可以做得更仔细。”。 “但是,就目前而言,医生们正在应对一场危机,快速获得的最优质的信息要好于无法获取的完美信息,除非这些信息没有帮助。”

奥康纳说,为了加快研究速度,分享不起作用的东西也是至关重要的,例如,当实验表明动物物种不会感染这种新型病毒时。 “这些重要信息通常不会通过传统渠道分享,”他表示,这就是武汉家族等团体如此便利的原因。 委员会成员还讨论了是否用传统的方式感染动物---- 将液体病毒悬浮液放入动物的鼻子里,还是通过气雾剂---- 这是一种新的暴露方式,更像是打喷嚏。 (他们可能两者都会尝试。) “通过公开分享计划,我们可以减少冗余,”弗里德里希说。

目前尚不清楚这种科学合作是否有助于减轻 COVID-19对全球造成的打击。 但是许多科学家欢迎疫情爆发已经改变了他们交流的方式。 日内瓦新发病毒疾病中心的病毒学家伊莎贝拉 · 埃克勒说: “感觉就像事物正在过渡到一种做研究的全新文化。”。 “这很令人兴奋。”

作者:Kai Kupferschmidt 卡伊 · 库普费尔施密特;卡伊是《科学》杂志驻德国柏林的特约记者。 

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