“明文禅替”的悲剧，使得元文宗图帖睦尔把自己和燕帖木儿死死绑在一起。就在元文宗默许或者纵容燕帖木儿杀死自己的大哥，让自己重新登基之后，一切的合法、合理、合情就全都不复存在了。因为在满朝文武眼中，在天下臣民眼中，元文宗是一个失信者、一个杀兄者、一个虚伪残忍有悖人伦的人。因此，在元文宗在位的短短五年之中，皇族、朝中重臣、地方大员危言谋变之事此起彼伏。于是文元宗也只能紧紧抓住燕帖木儿这棵颇有权谋且善于统兵的大树，来保住自己的皇位。
而燕帖木儿也深深知道这一点，所以他对于元文宗绝没有兔死狗烹、功高震主的顾忌，可以放心大胆的将一切荣宠、权力揽于手中，做一个货真价实的“立皇帝”。他的官衔，加起来有六十八个字：中书右丞相、监修国史、知枢密院事、提调燕王宫相府事、大都督、领龙翊侍卫亲军都指挥使司事，就佩元降虎符、依前开府仪同三司、上柱国、录军国重事、答剌罕、太师、太平王。朝廷所有重要的部门，除了掌管监察的御史台，几是党政军权一把抓，不过他也当过御史大夫，御史台也在其掌控之下。任何人奏事，哪怕是皇亲国戚，也不能越过燕帖木儿，除了皇帝的名号，燕帖木儿可说掌握了大元朝的一切，而且是皇帝心甘情愿给的。
在《元史》中，权倾一时的燕帖木儿被评价为“自秉大权以来，挟震主之威，肆意无忌”，这是对于权臣的标准型评价。不过，燕帖木儿并非那种有着“彼可取而代之”野心的人物，擅权也好，跋扈也好，主要体现在对于文宗皇位的维护之上。元文宗要靠他维持统治，他又何尝不需要文宗这个伞盖来遮风避雨？因此，其“肆行无忌”，大部分是表现在清洗明宗势力，镇压文宗朝廷反对派上。
由于各种动乱不断，元文宗在使用“天历”这个年号两年后，他改元“至顺”，希望凡事都够非常顺利，但朝野的反对派却从来没让他顺过。燕帖木儿的主要任务，就是给文宗营造一个“顺”的环境。先是前丞相别不花与平章速速等人被全家流放集庆路。接着知枢密院事阔彻伯、脱脱木儿等十人因“谋变”被抓。就连太医院使也里牙、前刑部尚书乌马儿、前御史大夫孛罗、上都留守马儿等人也被全部诛杀。至顺元年（1330年），明宗皇后八不沙被害，紧接着，明宗长子妥欢帖木儿被流放高丽。一年后，元文宗又昭告天下，不但将妥欢帖木儿发配到更边远的广西，还直接说其不是明宗的亲生儿子，断了明宗系争夺皇位的希望。
当燕帖木儿全力平息朝廷内外大大小小的变乱时，文宗皇帝图帖睦尔正在忙于自己的兴趣爱好，并在为自己日后重新夺回皇权做着暗中的准备。在元朝诸位皇帝中，元文宗是最具文艺气质的一位，爱好辞章书画，且有很深的造诣，以前身陷宫廷斗争，颠沛流离，只能自娱自乐。当天历元年（1328年）被拥立为帝后，他第一时间便“立奎章阁学士院。奎章阁是元代大都皇宫内收藏文物书画、图书宝玩的殿阁，在兴圣殿西廊。在这里设立学士院，文宗无疑是希望将之建设成为专属自己的学术和艺术殿堂。
宋朝立翰林院、国史院和集贤院，翰林院掌管制诰，国史院编修国史，集贤院掌管刊刻经典，搜求古书。而元朝则将翰林院和国史院合并，称为翰林国史院，为制诰和编修国史的所在。集贤院不但要刊刻经典，搜求古书，还负责国子监、道教、阴阳术数的管理。元文宗在两院之外设立奎章阁，其实就是作为皇帝与文人观览经书、品评文章、吟诗作对、鉴赏文物的场所。
因为奎章阁是文宗专门设立的，又是自己经常出入的场所，其地位虽低，在臣子们眼中，却是可以接近皇帝，谋得进身之阶的黄金屋，反而更显得重要。于是，当时元朝有名望的文人学者纷至沓来，如并立于“元诗四大家”的虞集、揭傒斯；有“将之以忠义，守之以清介，饰之以文学”之誉的赵世延；有“鸿笔”之称的欧阳玄等等全都进入奎章阁，成为文宗身边的座上宾。
奎章阁成立后，文宗几经准备，于至顺元年（1330年）四月正式下诏，命赵世延为总裁，虞集为副总裁，与翰林国史院官一起，采辑本朝典故，效仿唐宋会要，纂修《皇朝经世大典》。经过一年努力，第二年五月，《皇朝经世大典》完满编成。全书八百八十卷，目录十二卷，附公牍一卷、纂修通议一卷，将元代立国到文宗初期近百年的典章制度进行了全面的概括和总结，是元代典章制度的集大成者。这么一部大型政书的编成，文宗十分得意，将之视为“示治平之永则”的标志。
元文宗与燕帖木儿君臣二人，一个忙着专权施政、平定朝野，一个忙着吟风弄月、储才编书，可谓各得其所。然而，奎章阁学士院，作为文宗的专属文化机构，很快便成了矛盾的焦点。奎章阁的学士们，不仅仅是皇帝的侍读、秘书，还以“协和万邦”之类的话进行劝谏，并试图参与朝政施行。奎章阁学士们借着陪侍之机不断地对文宗施加影响，想让文宗收回皇权，而且因为皇帝的宠信，奎章阁隐隐成为新的权力中心。
学士们的作为，对于朝廷内外一切事物无不洞悉的燕帖木儿自然早就了然于心。学士们希望皇帝推行儒化，他并不反感，但对朝政有了施加影响的能力，这可就万万不能容忍了。于是，燕帖木儿开始了针对奎章阁开始了一系列打击。首先是燕铁木儿先让文宗封自己为奎章阁大学士，领奎章阁学士院事，将奎章阁置于自己掌控之下。接着，燕帖木儿更进一步清洗受宠于文宗的学士。
