冠状病毒2019患者中SARS-CoV-2基因多样性分析

新型冠状病毒已感染超过75000人，并传播到20多个国家。 尚不清楚该病毒的进化速度以及该病毒与肺中其他微生物的相互作用方式。有研究人员对8例患者、25例社区获得性肺炎患者及20例健康人员的支气管肺泡灌洗液进行了转录组测序。在感染新型冠状病毒的患者中，宿主内部变异的中位数为1-4，不同样本中的变异范围为0到51。 基因上的变异体分布与群体数据（110个序列）中观察到的相似。然而，在人群中观察到的宿主内部变体很少为多态性，这暗示了病毒传播过程中的瓶颈或纯化选择，或者是当前多态性数据所代表的有限多样性的结果。尽管目前的证据不支持宿主内变异体在人与人之间的传播，但也不应忽视这一风险。新型冠状病毒感染患者中的微生物群与CAP中的微生物群相似，要么是由病原体主导，要么是口腔和上呼吸道共生细菌水平升高。新型冠状病毒在感染后会在体内进化，这可能会影响其毒力、传染性和可传播性。尽管宿主内变异体如何在人群中传播尚不清楚，但有必要加强对人群中病毒进化和相关临床变化的监测。

以上内容仅供内部学习交流，特别感谢Zijie Shen等学者的研究报告《Genomic diversity of SARS-Cov-2 in Coronavirus Disease 2019 patients》。