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五组建议教你高效率跟踪科学文献

 geoallan 2020-03-13

科学工作中很少有几个方面像阅读文献一样至关重要,但也很容易被忽视。开始一个新的研究项目或写一份资助申请可能是广泛地文献搜索的好机会,但是挤出时间定期跟上新发表的论文通常是有挑战性的。如今,这项任务变得更加艰巨,因为数目已经庞大的文献继续以惊人的速度增长。为了帮助你跟踪文献,避免过于不知所措,《科学职业》杂志邀请了不同领域的科学家,讨论他们如何将论文搜索和阅读融入日常工作中。为了简洁明了,他们的回答已经过编辑。

五组建议教你高效率跟踪科学文献

采访对象列表

——瑞典乌普萨拉大学细胞和分子生物学副教授林恩·卡姆林

——澳大利亚悉尼英联邦科学和工业研究组织转型生物信息学小组组长丹尼斯·鲍尔

——西班牙萨拉戈萨大学计算机科学助理教授贝伦·马西亚

——前图书管理员,加州奥克兰加州数字图书馆博士后研究员约翰·博格

——西班牙塞维利亚多娜生物站进化生态学和保护生物学的高级职员科学家胡安·何塞·内格罗

——加拿大温哥华不列颠哥伦比亚大学精神病学和医学遗传学副教授约翰·奥斯汀

——美国麻省大学阿姆赫斯特分校经济学助理教授艾纳·甘古利

采访提纲

  1. 为什么跟上文献很重要,挑战是什么?
  2. 你如何找到你应该读的新论文,以及阅读它们的时间?
  3. 你如何着手进行更广泛的背景文献搜索?
  4. 文献作品有时会让人感觉势不可挡吗?你如何确定阅读内容的优先顺序,如何减少错过一篇重要论文的机会?
  5. 对于年轻科学家来说,你有什么潜在的陷阱需要强调吗?你还有什么进一步的建议吗?

以下的谷歌学者是指“Google Scholar”,目前对国内没有开放。——译者注

1 为什么跟上文献很重要,挑战是什么?

没有跟上文献,我就无法知道其他人在做什么,也无法将我的作品与背景联系起来。此外,通过阅读文献,我可以找到我在自己的研究中面临的科学障碍的潜在解决方案。但是我发现很难将这项任务融入我的日常生活。在拓展、管理、授权写作、教学等方面对科学家的精力需求是巨大的,一天只有24小时。——卡姆林 跟上文献也许是研究者职业生涯中最重要的技能。如果不知道目前的差距在哪里,你的发现要么是旧帽子,要么是太过突出,无法马上引用。但肯定有挑战。其中一个原因是,阅读论文可能会感觉像是死亡时间,因为这是一个如此缓慢和吸收的过程,而且有太多的论文需要消化。阅读也会让人感到沮丧,因为你会经常发现其他人已经发表了你认为是真正新颖或原创的观点。因此,很容易发生的一件事是,投资于你获取知识这一重要任务的优先级低于你作为科学家所承担的所有其他明显更紧迫的任务。——鲍尔 我们的工作是推进已知的前沿,所以我们需要知道这个前沿在哪里。然而,试图跟上文献是非常困难的。作为一名助理教授,我的工作不仅是做研究,还包括教学、获得资金、提供专业服务,包括同行评议、演讲、参加委员会会议等等。这种持续的多任务处理使得很难挤出时间来跟踪文献。另一个挑战在于不断出版的大量新作品。期刊和其它出版物的数量非常大,而且还在继续增长。如果你在一个多学科的领域工作,这种情况会更加严重,因为这个数字会成倍增加,变得难以管理。——马西亚 在科学文献中找到你需要的东西是非常重要的,但是任何人都很难挤出必要的时间。特别是对年轻科学家来说,还有一个额外的挑战,那就是在努力掌握最新出版的文献的同时,还要积累他们研究领域的知识。——博格 毫无疑问,坚持是至关重要的。为了能够提供新颖的结果,你必须知道在你之前已经做了什么。另外,你想从所有的想法、数据和解释中受益,这些在文献中已经积累了很多。但这肯定很难跟上。每天出版数千篇论文。对我来说,另一个挑战是我的研究是多方面的,所以我需要在更广阔的领域里阅读,这涵盖了很多领域。——内格罗 作为科学家,我们的职责是拓展视野,创造新的知识和理解,所以我们总是需要尽可能地更新自己的领域。但是跟上文献的发展可能是一项巨大的任务,而且没有任何期限。因此,在我负责的所有其他事情中,通常很难区分轻重缓急。——·奥斯汀 为了对科学研究做出贡献并有效地教育我的学生,我需要非常熟悉当前的知识状况,以及在我的领域的前沿使用什么样的想法和方法。但是我发现跟上文献的步伐总是伴随着一个权衡:我是花更多的时间在我的研究项目上,还是读最新的论文?——甘古利


2 你如何找到你应该读的新论文,以及阅读它们的时间?

为了保持自己专业领域的领先地位,我使用一个名为PubCrawler的工具定期进行系统的文献搜索。PubCrawler使用我设置的关键搜索术语自动搜索在线出版物数据库,它每周给我发送一封电子邮件,突出显示所有新的和潜在的相关论文,并提供摘要或全文的链接。我从我所在地区的主要期刊收到的电子邮件提醒中,发现了其他我应该阅读的最近发表的论文。我还通过给我发邮件的同事和社交媒体了解到新的出版物。推特在科学领域是一个未被充分利用的资源,但如果你追随正确的人,它很好地让你抓住即将出现的新工作的脉搏。关于找时间,除非我正在积极地写一份资助或论文,否则我很难跟上文献,因为这不是一个紧迫的、直接的、受最后期限驱动的需求。所以我每周都有一个固定的时间,在周一,查看我的文献搜索工具的输出。我仔细检查了所有内容,然后至少浏览了我认为最相关的文章。当我拿到期刊目录时,我会阅读它们,通常也会立即下载,至少浏览一下我最感兴趣的论文。全文阅读可能更加零散。——奥斯汀 我用来跟踪新文献的工具是Feedly,它允许我订阅相关期刊的RSS订阅源;一系列PubMed更新,捕捉那些期刊之外发表的任何相关文献;还有推特,它帮助我识别更广泛的科学界在谈论什么文献。我喜欢每天早上花几分钟浏览最近的出版物,寻找与我的工作特别有趣或相关的文章。加上每个星期五都有一个固定的时间段用来进行更重要的阅读和大量的笔记,这通常能让我跟上时代。无论你决定为自己设定什么样的例行程序,我认为关键是找到一种方法定期与文献交流。——博尔吉 我一直在使用谷歌学者的更新功能来监控不断增长的文献,该功能会根据你自己的出版物推荐一些新论文来阅读。全年监控我所在领域的几个主要会议,加上其他几个相关场所,也做得很好。许多会议最终会公布它们的会议记录,所以每当被接受的论文列表被公布时,我也会尽快地浏览它们,看那些似乎与我最相关的论文。有时候,阅读摘要就足够了。其他时候,如果它与我的研究密切相关,我会把它打印出来,以便我有时间更详细地阅读。此外,我会定期查看我所在领域的顶尖研究人员发表的文章,并与我的同行交流。——玛西娅 为了知道相关论文何时发表,我依靠期刊自动发送的提醒来突出引用我以前感兴趣的论文的新出版物。社交媒体上也有大量的活动,期刊在宣传,研究人员在讨论新的文章。Reddit Science的“问我任何事情”或“AMA”论坛讨论是听取创新研究并直接与作者交流的绝佳方式。像PubChase这样的推荐系统也是很好的工具,可以很早就听到新的论文。然而,大多数推荐系统是根据论文与你以前阅读过的论文的相似程度来查找论文的,这不可避免地限制了你接触那些对你的研究可能很重要的无关紧要的想法。因此,我喜欢浏览我最喜欢的期刊目录。就我如何找到时间处理文献而言,我通常会通过电子邮件提醒他们快速了解最重要的新出版物。我还发现一周或一天发一篇论文的推特或博客是深入阅读的一个很好的激励。推特特别好,因为它迫使我将论文的相关结果压缩到140个字符,然后当我浏览我的推特信息时,这立刻触发了我的记忆。推特的其他优势是,它帮助我找到有相似兴趣的研究人员,并帮助我建立一个个人品牌。——鲍尔

我跟踪新发表论文的一种方法是订阅电子邮件,邮件中包含我所在领域最热门或阅读最广泛的期刊的目录。在经济学中,通常有一个很长的出版滞后期,所以我也必须意识到工作论文的出版和新出版物在会议和研讨会上的发表。参加活动和与他人交谈是了解最新文章的非常重要的方式。我也关注一些由经济学家和几个经济学家在推特上写的博客,他们倾向于写新论文。为了应对时间压力,我尽量高效地浏览文献。我发现至少通读期刊上发表的最新论文的标题和摘要是非常有用的,然后我会仔细决定应该广泛阅读哪些论文。——甘古利 为了跟上新发表的论文,我综合使用了我所在领域的期刊、谷歌学者更新、参考文献管理人的论文以及1000名教授中的高级科学家或直接来自同事的推荐。推特作为传播令人兴奋的研究的工具也变得越来越有价值,我强烈建议通过社交媒体建立网络。大量的文献使得追踪成为一种集体努力,在信息的海洋中有一个场所来宣传你自己的作品也是一件好事。但是,当我不断地浏览即将出版的书籍时,找到时间阅读多份论文就更加困难了。因此,每隔几周,我会尽可能多地下载论文——既有与我的工作相关的新发表的论文,也有我最近意识到的旧论文——并随着这一周的进行分块阅读。尽管如此,夏天最适合阅读——我的教学和管理职责更少,所以这是我真正能赶上文献的时候。——卡姆林

3 你如何着手进行更广泛的背景文献搜索?

对于我所在领域的一般背景阅读,我通常会从引用我作品的新文章开始,因为我对他们要写的东西感兴趣的可能性要高得多。同样,我查看了最近和过去引用的论文,发现有兴趣进一步阅读。对于更有针对性的文献搜索,谷歌——包括谷歌学者和普通的搜索栏——和PubMed都很棒。如果我要进入一个新的领域,我通常会联系同事,包括我通过会议认识的人,问他们是否有我的推荐名单。——卡姆林 我发现,如今,寻找过去的文献作品是最容易的部分。搜索引擎和谷歌学者,以及其他允许用户追踪引文的工具,做得很好。如果存在特定学科的会议或期刊,我也会查阅它们发表的论文,至少可以追溯到5年前。我发现更具挑战性的是如何组织我所阅读的作品和我所获得的知识,以及如何追溯它们。我首先使用现有的工具建立了一个专用的数字数据库。 Mendeley是一个众所周知的例子;我自己使用JabRef。然后我将我读过的大部分论文的硬拷贝存档,主要稿件写在它们的首页上。如果你记不起你在期刊上读到了什么,浏览一大堆期刊是没有用的。——玛西娅 对于历史搜索,我通常从PubMed开始,搜索对我来说最有意义的术语,如果我得到的结果有限,就扩大这些搜索术语的范围。一旦我为一个感兴趣的主题选择了关键或索引论文,我就会在它们里面找到相关的引用论文。我还会找出哪些论文后来引用了我的索引论文,比如在谷歌学者上找到它们。通常,通过这个过程,我能够开发新的搜索词在PubMed中使用,因此我可以再次迭代地开始整个过程。——奥斯汀 当进行文献搜索时,我喜欢同时向前和向后看:如果我发现一篇论文,我认为它描述了一个特别好的主题,我会看它引用的论文和引用它的论文。像PubMedWeb of Science这样的工具各有优缺点,但是,如果我想深入了解一篇论文中描述的主题,我通常会从使用谷歌学者来查看引用我正在阅读的论文开始。——博尔吉

对于更广泛的搜索,我已经应用“搜索和组织科学文献的十个简单规则”(Ten Simple Rules for Searching and Organizing the Scientific Literature) 好几年了,结果很好,尽管技术随着时间的推移略有变化。今天,我通常从让我对这个话题感兴趣的文章(我称之为种子论文)开始,阅读参考文献中引用的论文。为此,我使用了ReadCube,因为它有助于根据论文被引用的次数对论文进行优先排序。然后,我还试图在PubMed上找到一篇评论文章,这有助于我确定该领域中的其他研究小组,他们的工作可能在种子论文中没有提及,但仍然很重要。最后,我尝试用非常精确的关键词在PubMed和谷歌学者中搜索研究文章,并从那里选择新的种子论文,重新开始这个过程。最终,这帮助我建立了不同思想流派之间的联系。——鲍尔

4 文献作品有时会让人感觉势不可挡吗?你如何确定阅读内容的优先顺序,如何减少错过一篇重要论文的机会?

人们很容易被信息流淹没。要做的决定是敏感性还是特异性。我倾向于优先考虑特异性(我找到的论文是否符合我的目标),并接受较低的敏感性(我不会找到所有可能相关的东西)。基于收益递减的原则,我画了一条对我来说有意义的线。当然,对每个人来说,到底在哪里划这条线可能是不同的。关于如何确保没有什么重要的东西逃过我的注意,我试着把我找到的论文的链接发给我认为可能对他们感兴趣的同事和学生,鉴于我对他们工作的了解。我的希望是,反过来,他们也会把他们遇到的东西送给我,这样也许我会少错过一些。我还发现,当我在写申请书和论文,并从事更彻底的系统文献综述时,我可以弥补我可能错过的东西。——奥斯汀 接触来自其他学科的想法和方法是很重要的,但是如果我们试图阅读所有发表的东西,可能会有大量的信息,有时很难知道在哪里划分界限。我优先考虑与我自己的项目直接相关的论文,尤其是当我为出版物或资助提案撰写文献评论时。我也优先阅读我主要研究领域的顶级期刊论文,以掌握哪些主题和方法处于知识的前沿。然后,如果我有一些空闲时间,我也会试着读一些离我的主要研究主题稍微远一点的论文。当然有时候你会有“我不敢相信我错过了这篇论文”的时刻。但是通常,如果论文足够重要,你最终会通过会议报告、与同事的对话、推特、博客、杂志或其他渠道了解它们。你只是希望当你读到一个评审人的报告时,你不会有那种时刻,他对你错过了一个重要的引用而不高兴!——甘古利 论文的数量让你不可能不错过重要的论文,尤其是当你在多个学科工作的时候。因此,我会根据与我正在做的事情最直接相关的内容来确定阅读的优先顺序,然后在时间允许的情况下,我会从那里展开阅读。——卡姆林 试图读得太广、太深或太快肯定会导致信息过载。所以不要试图一次读完它!感到被信息流淹没的科学家应该后退一步,想想他们在文献中到底在寻找什么——然后优先考虑与这个问题直接相关的论文。这也有助于认识到,归根结底,一个科学家不可能什么都懂。然而,一组科学家在不同的文献分支中导航,可以涵盖很多领域。就我个人而言,我受益匪浅,因为我的合作者和朋友在我自己的领域工作,并为我指出他们遇到的事情。——博尔吉

5 对于年轻科学家来说,你有什么潜在的陷阱需要强调吗?你还有什么进一步的建议吗?

年轻科学家有时倾向于忽略文献。当他们开始研究他们的项目时,他们会查阅一些相关的论文,但是随着他们的研究和其他研究者的工作的进展,他们就不能继续寻找更多的论文了。他们也很少回到他们搜索和阅读过的文献,尽管它仍然是一个巨大的灵感来源。——玛西娅 和图书馆员谈谈!根据他们的专业领域,他们可能会给你关于访问重要论文或浏览科学文献的具体建议。即使他们没有特定的学科领域知识,图书馆员也是关于学术信息如何组织、评估和传播的一个经常未被开发的知识来源。——博尔吉 记住,我们走在巨人的肩膀上。爱因斯坦将是一个显著的例子,达尔文的工作对今天的进化生物学家来说仍然和他那个时代一样重要。换句话说,不要把你的文献搜索局限在21世纪。——内格罗在你研究生涯的早期阶段,每天花时间跟上文献的发展尤为重要。我建议尝试不同的工具,并尝试你的阅读习惯,直到你找到适合自己的方法。有很多很棒的选择,人们对自己喜欢的东西有不同的品味。此外,不要害怕向你的导师寻求文献建议。最后,建立一个实体或虚拟的期刊俱乐部来和你的同龄人分享论文和讨论想法是个好主意。——卡姆林

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