十六世纪末，新兴的海上强国荷兰派人来明朝请求通商，由于荷兰并非明朝传统朝贡贸易体系中的国家，所以被拒绝。
不死心的荷兰，在明朝商人李锦的建议下，于万历三十二年，出兵占领澎湖，企图据此逼迫明朝同意通商请求。
澎湖是漳州和泉州的海上门户，位置极其重要，元朝时期曾于此设置澎湖巡检司，管辖澎湖和琉球。
明朝建立后，派部队驻防澎湖，但由于物资供应和气候等诸多问题，澎湖的明朝守军每年仅在春秋二季驻守5个月，其余时间无一兵一卒。
明朝商人李锦对此心知肚明，在他的出谋划策之下，荷兰人在明军离开之时，趁机占据。
明朝得知荷兰人占据澎湖后，并未同意通商，而是立即派福建都司沈有容率领战船50艘进攻澎湖。
荷兰人见明朝船多势众，不敢抵抗，立即登船离开，明军兵不血刃收复澎湖。
天启二年，荷兰卷土重来，再次占据澎湖，筑城和修建堡垒，企图将这里建立成海上基地。
于此同时，荷兰人还派出舰队到福建沿海一带烧杀抢掠，荷兰船长威·伊·邦特库撰写的《东印度航海记》中详细描写了荷兰在福建沿海烧杀抢掠的情形。
更令人发指的是，荷兰人将在沿海抓获的1000多中国人带到澎湖，为他们筑城做苦力，导致500多人死亡，剩余的则被东南亚和贩卖到其他地方。
嚣张跋扈的荷兰，甚至派舰队公然封锁漳州港口，切断海运。
面对荷兰的步步紧逼，明朝没有像后来的清朝一样卑躬屈膝，割地求和，而是选择武力收复失地！
尽管当时明朝与后金连年征战，大批部队损失和被牵制在关外，但明熹宗依然以“红夷狡诈，为患方深”为由，诏令福建巡抚南居益出兵征讨。
天启四年，福建明军集中起一万余人，搭乘战船200余艘，包围澎湖。
澎湖荷兰人大约有900余人，人数虽少，但是船坚炮利，火器先进，远胜于明朝。
明军经过几次攻击，给荷兰人造成较大杀伤，到了七月，参与的荷兰人大部分投降，一小部分乘船逃到台湾。
至此，被荷兰人占据两年多的澎湖重新回到中国怀抱。明朝人感叹：复祖宗百年疆土，弘敷远略，舒庙堂宵旦焦劳，有如今日者哉！
荷兰军官高文津被押解到北京，明熹宗下令将其处死，并“传首各边，以昭示天下”。
早在此战之前，明朝已经通过打捞荷兰沉船的方式，获得荷兰先进武器，派人送到北京，进行仿造，澎湖荷兰军官高文津为促使明朝同意通商，也曾派人进献过一些武器。
当时明朝虽然认为荷兰火器犀利，却并未在战场上与其交手，仿造热情并不高，经过这次战斗，荷兰武器给明军造成重大损失之后，明朝痛定思痛，开始不遗余力进行仿造，并不断改良，最终制造出让后金闻风丧胆的“红夷大炮”。
战后，明朝意识到澎湖的重要性，将守军增加到2000多人，并且改为全年驻防。
