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在蛋白质质谱中，串联质谱（也称为MS/MS或MS2）一般用于蛋白质/肽的鉴定。肽鉴定算法分为两大类：数据库搜索和从头搜索。前者针对包含假定存在于样品中的所有氨基酸序列的数据库进行搜索，而后者则是在不了解基因组数据的情况下推断出肽序列。 接着上期的数据库搜索软件，这期我们来说说从头测序分析软件和同源性搜索软件。 从头测序软件 肽从头测序算法一般是基于Bartels等人（1990年）提出的方法。 名称 | 类型 | 介绍 | CycloBranch | 开放资源 | 一种独立的、跨平台的、资源公开的从头测序引擎，用于从精确的产物离子图谱中识别非核糖体肽（线性、环状、支链和支链环状）。 | DeNovoX | 自营 | 利用离子阱质谱仪获得的CID图谱进行从头测序，可提供完整和/或部分肽序列（序列标签）。 | DeNoS |
| 利用来自CAD和ECD图谱的所有信息对肽进行排序；Proteinmatching分析软件（PAS）的一部分，该软件又是Medicwave生物信息学套件（MBS）软件包的一部分。 | Lutefisk | 开放资源 | 肽CID图谱从头解析软件。 | Novor | 自营, 学术研究人员免费 | 实时肽从头测序引擎，快速，准确，易于集成到研究流程上。Novor在Macbook Pro笔记本电脑上每秒可以从头测序超过300 MS/MS的图谱。 | PEAKS | 自营 | 一款提供蛋白质组学研究全面解决方案的软件，可用于从头测序、蛋白质鉴定、多引擎蛋白质定性、序列同源性搜索以及标记和非标记定量。 | Supernovo | 自营 | 一种独特的、解放双手的单克隆抗体从头测序解决方案。 |
同源性搜索算法软件 名称 | 类型 | 介绍 | MS-Homology | 开放资源 | MS-Homology是Protein Prospector包中的一个数据库搜索程序，它使用结合了质量和氨基酸衍生物的字符串进行搜索，并且可以指定不匹配氨基酸的数量。 | SPIDER | 自营 | SPIDER算法将错误的序列标签与数据库序列相匹配，用于鉴定蛋白质和肽，并可与PEAKS质谱数据分析软件结合使用。 |
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