R包clusterProfiler功能富集分析及可视化总结

source("http://www./biocLite.R") #启动bioconductor

biocLite("clusterProfiler") #安装clusterProfiler包

library(clusterProfiler)

##文件为一列gene entrez ID, 文件名设为 enterz.txt

 

setwd("d:/") #设置目录

getwd() #查看目录

 

biocLite("org.Hs.eg.db")

library(org.Hs.eg.db)

 

ego <- enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db", gene = genelist, ont = "CC", pvalueCutoff = 0.01, readable= TRUE) #GO富集分析

 

write.csv(summary(ego),"GO-enrich.csv",row.names =F) #写入文件

 

ekk <- enrichKEGG(gene= genelist,organism  = 'hsa', qvalueCutoff = 0.05) #KEGG富集分析

 

write.csv(summary(ekk),"KEGG-enrich.csv",row.names =F) #写入文件

 

dotplot(ego,showCategory=10,title="Enrichment GO Top10") #泡泡图

barplot(ego, showCategory=20,title="EnrichmentGO")  #柱状图