截至2018年12月,三江源国家公园共分布野生陆生脊椎动物270种,其中兽类62种,鸟类196种,两栖类7种,爬行类5种;共有国家重点保护动物69种,其中国家一级重点保护动物有野牦牛、雪豹等16种,国家二级重点保护动物有岩羊、藏原羚等35种。藏原羚6万头左右,西藏野驴约3.6万头,白唇鹿及野牦牛数量均在1万头左右,雪豹种群数量为392只至659只。 三江源国家公园地处青藏高原高寒草甸区向高寒荒漠区的过渡区,主要植被类型有高寒草原、高寒草甸和高山流石坡植被。受横断山和喜马拉雅植物区系影响,及华东植物区系成分的侵入,形成了高原多样性生物环境和独特的高山生态系统。公园内共有维管束植物760种,分属50科241属。野生植物形态以矮小的草本和垫状灌丛为主,高大乔木仅有大果圆柏等。
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