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今天给大家带来一篇 WORLD JOURNAL OF GASTROENTEROLOGY（IF=3.365 WEB OF SCIENCE Q2区） 文章题目： Three-microRNA signature identified by bioinformaticsanalysis predicts prognosis of gastric cancer patients 先来看一下整体流程： 作者在GEO数据库中下载了芯片GSE93415，包含20对胃癌组织和癌旁组织 用R语言的limma包进行数据预处理，分析出110个差异表达的microRNA（P＜0.05，差异倍数＞2）制作出table 1。 Figure 1是差异microRNA表达的火山图。 Figure 2是差异microRNA表达的热图。 即步骤一就出来了两个图和一张表，接下来作者在TCGA数据库中，利用单因素COX分析寻找与预后相关的microRNA，恰巧找到了三个microRNA既是差异表达，又是与预后显著相关的，即Figure 3。 于是作者接下来利用多因素COX分析，在三个microRNA同时联合检测的情况下，对预后的预测作用。 由Figure 4可知，通过检测三个microRNA的表达，可以将患者分为低风险组和高风险组，两组患者的预后有显著差别，这就将microRNA上升到了临床应用的意义。 研究microRNA就必然研究其靶基因。作者在TargetScan，miRDB和miRWalk和DIANA数据库上预测这三个microRNA的靶基因，并用韦恩图法取交集。 接着是对交集内的靶基因功能的预测，即功能富集分析，揭示microRNA可能发挥作用的通路和机制。 加以适当的讨论，就形成了一篇3分左右的文章。 欢迎加微信交流：ysydxs2010 |
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