《运河谣》的故事发生在明朝万历年间,书生秦啸生因揭发官吏贪污,在杭州遇衙役追捕。唱曲艺人水红莲因反抗做妾,也逃亡于运河之畔。两人巧遇于献祭运河龙王的歌舞赛会上,通过假扮彩龙船的演出者逃脱了抓捕。
秦啸生穿上水手李小管弃下的号服,冒其名充当一名水手,两人坐上了船主张水鹞的客货船,沿运河北上流亡。患难相知,秦啸生与水红莲相爱,恶霸船主张水鹞也打上了水红莲的主意。
船过苏州码头时,他们遇到了私塾先生的女儿关砚砚,因受风流水手李小管诱骗,她生下孩子,哭瞎了双眼。张水鹞指证秦啸生就是李小管,秦啸生为避官府缉拿,有口难辩,被迫与关砚砚生活在一起。
张水鹞发现了秦啸生的真实身份,带着衙役来抓捕。险恶之时,水红莲让秦啸生带关砚砚先走,她留下来拖延时间。而张水鹞为了引秦啸生回来营救,捆住水红莲作诱饵。为使秦啸生不落入圈套,水红莲引燃船上油灯,烧毁了客货船,自己也化为运河上的烈焰……