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细胞：过表达就是把基因上调表达，即该基因被过度的转录、翻译，终基因表达产物超过正常水平。做过表达要比做干扰难度高一些，过表达需要表达出长链的 mRNA，这一点比较困难，而干扰只需表达出短片段的 shRNA 即可。 一般情况下，如果本身就是高表达，你再做过表达就比较困难，某种程度上干扰更为重要，想说明一个基因对于一个事件是必须的，只有把它拿掉，事件终止（或程度减弱），才比较有说服力。但是，如果你的基因在细胞中基础表达本身就不高的话，还是有必要来选择过表达实验来对其表型进行验证的，否则实验会受到质疑。 关于下调基因表达，一般来说干扰稳转株能满足实验所需。但是，干扰稳转株不能控制 shRNA 插入染色体的位置，染色体上的 shRNA 有时会丢失，另外 shRNA 也有脱靶效应，可能干扰了其他未知基因。还有就是，shRNA 是与目的基因的 mRNA 作用而使之降解，是在 RNA 水平上的降低目的基因的表达。 此时，基因敲除稳转株可以很大程度上规避这个问题。因为基因敲除稳转株是在基因组水平上通过基因序列的改变使其基因功能丧失，在敲除细胞中通常不会检测到靶蛋白的表达，而且敲除效果稳定，不能恢复，也就是yong久性敲除了。但是基因敲除稳转株缺点是操作周期长，费用多，效率低。如何选择基因下调表达的方式，就要综合考虑了。 那么同样是稳定株，单克隆？混合克隆？要怎么选？ 细胞：当需要去除细胞群体干扰因素的时候，推荐使用单克隆稳定细胞株，其基因组背景相对单一，对实验结果干扰因素小。当进行系统生物学研究时，需考虑细胞群体因素，同时也是由于不同细胞个体差异大，而且不同整合位点的单克隆细胞株表现出来的细胞行为可能不一致，所以许多实验使用混合克隆株更能去除细胞间差异造成的干扰。因此，选择单克隆细胞株还是混合克隆细胞株，需要根据实验目的而定。 好极了，怎么判别筛选的稳定株是单克隆呢？ 细胞：如果外源片段含有荧光标记，可以直接使用流式细胞仪检测其荧光是否均一；如果还有其它标签，可以进行免疫荧光标记，再使用流式细胞仪观察荧光分布是否出现均一峰值； 如果外源片段不含任何标签或者荧光标记，则可以使用分子生物学比如 Southern Blot 的方法鉴定； 还可使用 96 孔板稀释法筛选，得到的阳性克隆一般是单克隆。
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