核酸和蛋白质序列比对与序列特征分析

写在前面，其中的一些具体原理包括算法以后或许会详细添加。
主要参考主源自李霞老师主编《生物信息学理论与医学实践》，陈铭《生物信息学》，冯世鹏《实用生物信息学》，冉隆科《生物信息学最佳实践》，沈百荣《深度猜测徐数据的生物信息学分析及实例》等，还有可获得开放资源。

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序列比对包括序列之间的比较分析和序列组成和特征分析。

0️⃣ 序列比对(sequence alignment)的概念

1️⃣ 序列获取：

• 序列获取(1):DNA

• 序列获取(2):RNA

• 序列获取(3):蛋白质

2️⃣ 双序列比对

• 双序列比对算法及数据库

• BLAST详细操作:web版和linux版

3️⃣ 多序列比对

• 1 多序列比对(1):简介

• 2 多序列比对方法

• 3 常用工具和数据库

4️⃣ 核酸序列基本信息和特征信息分析

• 0 DNA序列基本信息分析（组分分析和序列转换）

• 1 基因开放阅读框的识别

• 2 核酸序列特征分析(2):CpG岛预测

• 3 启动子区域和转录终止信号预测

• 4 内含子/外显子剪切位点的识别（外显子组成和可变剪切）

• 5 序列motif的查找和可视化工具

• 6 密码子使用模式的分析

• 7 限制性内切酶位点分析

• 8 重复序列的查找

5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息以及结构分析

• 1 蛋白质基本信息分析(氨基酸组成，理化性质，亲疏水等

• 2蛋白质的特征信息1:跨膜结构分析

• 3蛋白质的特征信息2:信号肽的预测和识别

• 4蛋白质的特征信息3:卷曲螺旋预测

6️⃣ 蛋白质的功能信息分析

• 1蛋白质序列的功能信息分析1:基于蛋白质基序

• 2蛋白质序列的功能信息分析2:基于蛋白质结构域domain和功能位点分析

• 3蛋白质序列的功能信息分析2:基于蛋白质同源性

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