什么是16S rRNA? image.png
Fadrosh等采用改善的双端index方法对V3-V4进行测序: image.png
16S rRNA基因测序一般包括基因组DNA提取,目的片段PCR扩增及文库构建,测序,生物信息分析等步骤。常用的生物信息分析软件主要是QIIME,这是一款16S分析神器,包括OTU聚类及多样性等多种分析,而且还有详细的文档说明。 16S rRNA基因测序常见名词解释: OTU:(operational taxonomic unit),即操作分类单元,通过相似性对个体进行分组,根据序列彼此的相似性进行聚类,然后基于设置的相似性阈值(通常为97%相似性)来定义OTU,简而言之,每个OTU代表一种16S rRNA,所以一个OTU对应于一个物种。通过OTU分析就可以知道样品中的微生物多样性和丰度。 Alpha多样性:即一个样品内的微生物多样性,常见的度量指标有Chao1 richness estimator,Shannon diversity index和Simpson diversity index等。 Beta多样性:即不同样品间的微生物多样性,衡量不同样品之间的差别。 稀释曲线:从样品中抽取一定数量的reads,统计这些reads所代表的OTU。稀释曲线可以用来衡量测序数据量是否合理,并间接反映样品中物种的丰富程度。 |
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