【原】原来用GEO数据挖掘还可以这样完整复现一篇SCI

你还在为找不到课题方案而焦虑吗，复现一篇论文吧！

你还在为找不到研究思路而苦恼吗，复现一篇论文吧！

你还在为找不到数据方法而悔恨吗，复现一篇论文吧！

复现？怎么复现？先来看一下某乎的回答。

有道理有道理，感觉也不是很难的样子对不对，聪明的智商又重新占领高地了，此刻我就是华佗再世扁鹊附体，复现没在怕的，摩拳擦掌，跃跃欲试，开整！结果一顿操作猛如虎，代码也写了，夜也熬了，怎么和我想象中的不一样！！！emmm.......至少......我们曾经努力过。

且慢，贴心的小助理早就为大家想到了，今天分享的就是整合GEO数据挖掘的完整复现，跟着文章一步步走，他山之石可以攻玉，看看人家是怎样弄的，一不小心你也会了呢？

论文来源

文章目录

GSE7476数据下载到表达矩阵

• GSE7476数据下载

• getGEO包下载的探针注释文件不全，需要在GEO网站下载

• 筛选探针

• 分位数标准化预处理

• 分组

差异表达

• 表达矩阵

• 分组矩阵

• 差异表达矩阵

• 按照logFC排序

• 保存差异表达矩阵

• 火山图

• 热图,按p值从小到大筛选前100个差异基因（ |logFC| > 1）

GSE7476数据下载到表达矩阵

01

GSE7476数据下载

getGEO包下载的探针注释文件不全，需要在GEO网站下载

筛选探针

分位数标准化预处理

分组

差异表达

02

火山图

热图,按p值从小到大筛选前100个差异基因（ |logFC| > 1）

温馨提醒：想要代码的文本形式，可以联系小助理哦~

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