后台留言送你一套SCI写作秘笈 你还在为找不到课题方案而焦虑吗,复现一篇论文吧! 你还在为找不到研究思路而苦恼吗,复现一篇论文吧! 你还在为找不到数据方法而悔恨吗,复现一篇论文吧! 预计阅读时间5分钟 刚来的小伙伴不要慌了哈,小助理选的一直是同一篇论文 只不过用的是不同方法进行复现 一千种方法练一次 不如一种方法练一千次 进步的第一步就是敲下文章里面的代码 以下就是复现过程,跟着文章走,他山之石可以攻玉,没准儿一不小心你就会了呢? 论文:文章目录:
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2. 上调基因GO富集分析2.1 进入官网,点击“Function Annotation”选项2.2 富集分析1.“Enter Gene List”选项中,复制筛选过的111个上调基因的SYMBOL ID作为输入文件, 2.3 选择背景基因研究对象为人类癌症,所以选择“Homo sapiens”选项,点击“Use”,这时系统自动进行富集分析 2.4 选择GO富集分析结果1.首先取消“Check Defaults”选项,点击“Gene_Ontology(3 select)”下拉选项 2.分别选择“GOTERM_BP_DIRECT”、“GOTERM_CC_DIRECT”、“GOTERM_MF_DIRECT”三个选项 3.最后点击“Function Annotation Chart”选项,得到最终富集分析结果 2.5 下载富集分析结果点击“Download File”选项 2.6 保存文件,作为后续可视化的输入文件复制所有富集分析结果,保存为“up_GO.txt”文件 2.7 可视化富集分析结果2.7.1 bp,cc,mf分别提取counts数前5的term2.7.2 条形图2.7.3 圈圈图3.下调基因GO富集分析与上调基因富集分析步骤一样,得到“down_GO.txt”文件,在这里只显示可视化结果 3.1 可视化富集分析结果3.1.1 bp,cc,mf分别提取counts数前5的term3.1.2 条形图3.1.3 圈图温馨提醒:想要代码的小伙伴记得联系小助理~ 科研路漫其修远兮,吾将上下而求索,有烦恼苦闷或者有趣好玩的事情记得告诉小助理,希望陪伴您一起成长。 踌躇满志无限期 扬帆起航正当时 科研小助理为您在线解答 你点的每一个在看,我都认真当成了喜欢 |
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