(1) 需要准备的文件FilesGTF 文件:基因组自带的,或者是stringtie等软件生成的皆可 BAM文件:已排序,已建好索引(可以用samtools建索引) (2) 操作步骤Steps1‘ 运行exonRefine将外显子集精炼为不重叠的连续子外显子区域, ./bin/exonRefine <annotation.gtf> --prefix OUTPUT_PREFIX 2’ 对上一步中生成的注释和输入的BAM文件运行SigCount ./bin/sigcount <alignments.bam> <annotation_refined.gtf> <outfile-prefix> 3' 运行McSplucer以获取剪切位点情况估计 python2 ./python_code/McSplicer.py \ (3) 结果输出Outputs输出的csv文件包含bootstrap step,剪接位点索引,基因链,染色体,剪接位点基因组位置和McSplicer剪接位点使用估计。 依赖DependenciesMcSplicer 在 python 2上运行(最好是python 2.7),另外需要:
软件背景Reference文章目前发表在bioRxiv 题目为:McSplicer: a probabilistic model for estimating splice site usage from RNA-seq data 软件使用说明和下载地址:https://github.com/canzarlab/McSplicer 单位:德国慕尼黑大学 |
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