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作者：子非鱼（转载请注：解螺旋·医生科研助手） 众所周知，实验protocol是科研汪们行走科研江湖的神兵利器。而对于初出茅庐的实验菜鸟而言，要找到一份正确的protocol并非易事。网上五花八门的protocol让人眼花缭乱，没有一双火眼金睛就很难辨别一份真正靠谱的protocol，因而实验小白们经常会被信息不全的protocol带到“沟里”而不自知。 而近期Cell杂志推出了STAR methods新版块，则为实验猿们量身打造了一柄绝世好剑，可谓是为实验猿们在升级打怪的科研之路上提供了必要的装备支撑，真正做到了长剑一握，科研江湖任你驰骋！ 新版块STAR methods的与众不同之处 一直以来，文献中的Method部分都被认为是该文章中最难理解和最不感兴趣的一部分，但是实际上，它所包含的关键信息恰恰是其他研究者用以评论文章结论的最佳标准，以及开展自己的创新性研究中可借鉴的重要方法。Cell杂志认为无论是希冀借此文章寻找新的灵感的跨学科研究者，还是从事相同领域研究的科研者，把握每篇文献中所包含的实验细节的清晰性和完整性对科研工作的开展都是至关重要的。 但遗憾的是，在现阶段，绝大多数文献中的Method部分通常会以“as described in references”的形式而将实验的详细信息一笔带过，这就迫使研究者需通过查询参考文献来了解实验的种种细节。为此，Cell期刊杂志对Method进行升级改版为STAR Methods，即Stuctured（结构化）、Transparent（透明化）和Accessible Reporting（可访问的学术报告）。除了常规的实验protocol外，STAR Methods还会将研究中使用的关键试剂、抗体来源、动物模型以及生物软件汇总成一个“关键资源表”，让其他研究者对文章中实验方法的相关信息一目了然。 简言之，STAR Methods即是将期刊发表的经典文献中科学信息流进行无缝整合后，提供一个直观严谨的实验框架，不仅可使得作者的文章表述变得更加清晰明了，同时也会加深读者对文章的深入理解。目前，该板块已经应用于Cell杂志旗下的几本子期刊，如下图所示： 自然，后续Cell期刊还会陆续将该板块添加至更多的子期刊中： 新版块STAR methods具体案例 举个栗子：当某篇Cell发表的文章中含有STAR☆Methods时，则意味着该文章中已经提供了实验流程中所有的详细信息，不仅包括标准的实验protocol，还包括试剂/抗体来源、所使用细胞株、动物模型等信息。 另外，STAR Methods在整合了文章中使用的所有实验方法后，提供了简单直观的框架列表：Key Resource Table（关键资源表格）、Contact For Reagent And Resource Sharing（可通过邮件联系作者获取文章中共享的试剂与资源）、Experimental Model And Subject Details（实验模型及详细信息）、Method Details（实验的标准化protocol）、Quantification and Statistical Analysis（实验结果数据分析）以及Data And Software Availability（数据来源及相关生物信息软件的使用），因而研究者可通过点击相关选项进而链接到自己所感兴趣的实验部分： 在科研实验中，即便是同一种抗体/试剂，公司来源不同则质量不同，这可能与不同公司的抗体/试剂的生产工艺有关。而一旦抗体/试剂的可靠性较低，不仅会给实验带来灾难性的结果，也会让研究者陷入一种不知错在何处的窘境。 但在Key Resource Table（关键资源整合表格）中，简单的三列表中就已经将抗体/试剂的名称、购买来源以及货号标注得清清楚楚。研究者可选取相同公司来购买已经过实验验证过的试剂/抗体，进而可提高的实验的准确率。 当然，也许有些试剂等资源价格确实昂贵又或者获取途径颇费周折，此时可以借由Contact For Reagent And Resource Sharing中所提供的邮件信息，来咨询文章作者能否友情提供一些共享的资源或试剂。此外，对于实验过程中所遇到一些问题也可通过邮件咨询与文章作者进行探讨。 接下来，就是STAR Methods中的核心内容：Experimental Model And Subject Details（实验模型及详细信息）模块和Method Details（实验的标准化protocol）。该模块所提供的标准化实验protocol在经过文章作者反复验证后，确实有效可行。更重要的是这些protocol也许会对传统的经典方法进行了一定程度的改进，又或者其本身就是该研究领域中一种新的研究方法，那么研究者借助这些实验方法不仅可使科学研究事半功倍，也可为后续文章撰写增添亮点。这也是为什么小鱼喜欢从一些顶级期刊发表的文献中寻找Protocol的原因之一。 其他protocol查询方式 也许更多时候，小伙伴的protocol是源自于师兄师姐的亲授真传，但是由于每个人的实验习惯不同，很可能该protocol在传承几代后就不明所以了，然后不求甚解的的师弟师妹们就一直“错下去”，到头来会导致出现画虎不成反类犬的情况发生。因而，小鱼建议大家寻找靠谱protocol，还是向大牛要比较好，这里推荐7个靠谱protocol网站，相信总有一款适合你。 #1：Nature protocol 该杂志文章倾向于描述详细的实验步骤及注意事项，以便使读者可以快速将该实验方法应用于各自领域的研究，查询时直接在首页搜索框输入实验技术名即可。 #2：Nature Methods 该杂志主要发表生命科学领域中新的研究方法或对经典方法有显著改进的相关论文。同样，查询时直接在首页搜索框输入实验技术名即可。 #3： Nucleic Acids Research Methods
登录网页，可按不同研究领域来查找具体的实验技术。 #4：Springer出版社的Methods系列
打开Springer首页，在“Browse by discipline”一栏选择“Life science”,然后在“Content Type”一栏点击protocal,出现以下页面，在搜索框输入关键词查询实验方法。 #5：冷泉港出版社的Protocols系列
首页显示的protocals大分类清楚明了，想查什么技术方法就直接点击，每个大类下面有更细的分类，例如点击首页“Polymerase Chain Reaction (PCR)”，可以选择具体的PCR技术。 #6：google scholar检索
pubmed的文献更新速度比google scholar快。但是google scholar在检索protocal上更显优势：一是google scholar检索结果里有引用次数，一般来说，引用次数高的文献，其技术方法的可重复性高；二是scholar可以检索到专利和书籍里面的技术方法，特别是书籍里面的，有很大的参考价值。 #7：生物/医学实验视频杂志JoVE
JoVE 全称 Journal of Visualized Experiments，该网站是专门收集实验操作和视频的学术网站。觉得看Protocol很枯燥的同学，可以考虑看看这个。 参考文献： 1.Empowering Methods，to Empower Scientists 2.A STAR Is Born |
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