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解螺旋公众号·陪伴你科研的第1821天 蛋白质组学绘图，全套打包带走 蛋白质组学（proteomics）是以蛋白质组为研究对象，研究细胞、组织或生物体蛋白质组成及其变化规律的科学。 蛋白质是一切生命的物质基础，蛋白质组学可对细胞或组织内成千上万的蛋白质同时进行研究，为生命活动规律提供理论和物质基础。 今天给大家分享我在文献中学习到的蛋白质组学数据呈现小经验。 1 火山图 1. Origin绘制火山图 火山图（Volcanoplot）经常出现在芯片、测序等组学结果中用来展示差异表达的基因或蛋白的一种图片类型，常与热图、韦恩图（Venndiagram）等同时出现。 火山图包含2个重要概念：显著性与差异表达倍数。显著性一般设置p<0.05，差异表达一般我们按照FoldChange(倍数变化)≥1.2或2倍作为标准。 我们已经在解螺旋给大家分享过使用Origin2018绘制火山图，可在点击这里查看。 免费正版Origin软件下载地址://www./OriginProLearning.aspx VolcanoplotAPP下载地址： https://www./fileExchange/details.aspx?fid=296。 下载Volcanoplot即可很便捷的绘制火山图。 2. Graphpad Prism 8.0 绘制火山图 Graphpad Prism 8.0中，Existingfile下的Graph portfolio可见Volcano plot： 可见详细的绘图教程： 2 韦恩图 韦恩图也常用于蛋白质组学的呈现，例如两种不同处理共有的差异表达蛋白质。 Origin软件可便捷的绘制韦恩图，APPstore处下载APP，下载链接为：https://www./fileExchange/details.aspx?fid=425。 3 热图（Heatmap） 1. Graphpad Prism 8.0绘制热图 众所周知Graphpad Prism 8.0可绘制热图，在此就不过多介绍。 2. Origin绘制热图 Origin软件也可以绘制热图，Origin Central（快捷键F11）可找到热图绘图示例教程: 进入示例后点击Tutorial即可查阅教程： 3. Heatmap Illustrator绘制热图 Heatmap Illustrator也可以绘制热图，下载地址：http://hemi./： 目前Heatmap Illustrator版本1.0.1，可适用于多种操作平台：
Heatmap Illustrator官网有详细教程（http://hemi./faq.php）：
4. R语言绘制热图 最后R也可以绘制热图：
5. Excel绘制热图 Excel绘制“条件格式”--“色阶”--“其他规则”也可绘制热图：
扩展： Excel绘制气泡图能否导出高分辨率图片？ Excel可以导出高分辨率图片。XL_Toolbox_6.60插件可以帮助我们在Excel表格里面导出高清图片。下图是用Excel作好的多数据散点图，我将使用XL_Toolbox_6.60工具的Export给你导出高分辨的图片。 首先必须安装XL_Toolbox_6.60工具，安装后在Excel表格中就可以看见该插件。
选择图片后点击Export，选择最后一项Export for publication
弹出以下窗口，选择导出格式，导出分辨率，图片的长和宽以及图片模式即可。
4 Top10差异表达蛋白质的呈现 Excel呈现Top10差异表达蛋白质：
在Excel中输入数据：
调整字体为Times New Roman字体：
选择Fold change列数据，选择“条件格式”--“色阶”--“其他规则”，设置颜色：
选中
设置单元格格式，设置边框后使用XL_Toolbox_6.60插件导出需要分辨率的图片即可。
类似的方法还可以用来绘制Pathway对比图：
5 Cytoscape绘制网络连接图
STRING: functional protein association networks是蛋白质组学网络分析网站，首先需要将差异表达蛋白质输入STRING11.0（https:///）：
得到可以形成网络连接的蛋白质网络图：
导出数据：
Cytoscape是一款免费图形化显示网络并进行分析和编辑的软件，下载地址为：https:///。最新版本为Cytoscape3.7.1：
打开Cytoscape软件，导入下载好的数据：
导入完成后得到了下图：
Edges的粗细由combined_score渐变调整，选择Tool里的Network Analysis工具中的Generate Style from Statistics：
得到的效果如下：
对Nodes（节点）的颜色：
如何设置Nodes的大小呢？ 将STRING下载好的数据导入Excel表格：
将Nodes1和Nodes2复制到一列中，然后利用=COUNTIF(A:A,A2)的公式进行计算其出现频数：
删除第一列中的重复值，方法为Excel表格中数据下的重复值删除：
添加一列与Nodes1相同的加一列Nodes2：
根据蛋白质组学添加上下调关系（1代表上调，2代表下调）：
将上述表格保存为Txt文件，File，import导入Cytoscape软件。 FillColor，颜色由Column，Regulation决定，上调设置为红色，下调设置为绿色：
由fff决定Nodes大小，导出图片即可：
6 饼图 Graphpad Prism 8.0可绘制二维饼图：
Origin可以绘制三维饼图，可点击Tutorial查阅详细教程：
今天给大家分享了蛋白质组学数据呈现小经验，希望对大家有所帮助。 |
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