阿尼西乌斯·曼利乌斯·塞韦里乌斯·波爱修，也被译为波伊修斯、波埃修斯、波伊提乌等，是继奥古斯丁后最伟大的教父。波伊提乌在狱里用诗歌体写成《哲学的慰藉》，几乎是柏拉图主义著作。罗素说：“此书虽不能证明他不是一位基督徒，却表明异教哲学比基督教神学更深远地影响着他。”在音乐方面亦如此，波伊提乌的《论音乐的体制》（或译为《音乐的原理》）也追随着古希腊的传统，书中更多的是谈及古希腊人对待音乐的态度，而不是基督徒对待音乐的态度。
波伊提乌把音乐分为三类，即“宇宙音乐”、“人类音乐”、“器乐音乐”，这个著名的分类在整个中世纪乃至后来的文艺复兴时期都有很大影响力。“宇宙音乐”不可听，却是“在星球运动、四季变化、四大要素中有序的数字关系”；“人类音乐”可以听，这种音乐“控制身体和灵魂，以及各部件间的和谐”；“器乐音乐”也可以听，这种音乐“由乐器（包括人声）所产生可以听到的音乐，它们证明了秩序的同一原则，特别是在音程的数字比率方面尤为突出”。波伊提乌认为真正的音乐家是哲学家，是能够沉思音乐的人。
除此之外，波伊提乌把音乐建构也分为三种：“第一种，通过乐器创造音乐；第二种，创造诗歌；第三种，产生于乐器和诗歌的音乐。”这里的“诗歌”就是歌唱，所以三种建构方式即：器乐音乐、声乐音乐、器乐和声乐和鸣的音乐。在今天看来这是音乐实践中最常见的方式，但在当时却并未获得像音乐理论那样的地位。原因之一是音乐实践偏重感觉，而音乐建构始终是理智的；尽管感觉可以分辨音乐，但达到精确程度就必须趋于理智。理智最能接近本质，音乐建构也就要依靠理智来进行。
早期基督教音乐一方面来源于古希腊音乐，另一方面又受东方音乐影响。这两股力量在教会中相互碰撞，奥古斯丁和波伊提乌所代表的教义过滤了旧音乐形式。“教会必定拒绝掉纯粹为享乐而发展起来的音乐，而且鄙视盛大公众集会如节日、竞赛、戏剧表演，以及适合更加温馨场合的音乐类型。并不是教会领袖不喜欢这类音乐，而是要使皈依者戒除任何与异教徒过去有关的东西。甚至很长一段时间内禁止一切器乐。”
作为中世纪基督教哲学后半段的经院哲学有了新变化，主要表现在四个方面。其一，教义是最高的学说，其他学说必须服从于教义。其二，亚里士多德逐渐成为公认的权威，柏拉图的地位逐渐没落。其三，形而上学的“辩证法”和无止境的推理成了论证信仰的主要方法，对事实进行科学的观察却变得冷漠。其四，共相问题再一次被提出来讨论，掀起了一场唯实论和唯名论之争。
托马斯·阿奎那是当时最有影响力的哲学家，他的《神学大全》被看作是经院哲学乃至整个神学的权威。对于哲学与神学的关系，他在《神学大全》中写道：“除了哲学理论以外，为了拯救人类，必须有一种上帝启示的学问。”神学高于哲学，“是因为其他科学都来源于人的理性，人会犯错误；而神学则来源于上帝的光照，神不会犯错”。为了证明上帝存在，他从运动变化、推动者、可能性和必然性、真实性等级、目的因，五个方面进行了论证，并把上帝看作“第一推动者”而存在。显然，“第一推动者”是对亚里士多德“动力因”的终极考量。
阿奎那在《神学大全》中谈及美。“美有三个因素。首先，完整或完美，凡是不完整的东西都是丑陋的；其次，适当的比例与和谐；其三，鲜明，着色鲜亮的东西被公认为美。”实际上这三条包括了：“美与完善”、“美与数学”、“美与感觉”的问题。理解这三个因素可以把其顺序倒置，即从“感觉”到“数学”，再到“完善”：先通过感觉的直接性来接触美（即“鲜明”）；再由感觉上升为理智来理解美的形式（即“适当的比例或和谐”）;最后通过对形式的理解来洞悉美的“完善”（即“完整与完美”）。阿奎那关于美的体系是一个集合，其中“感觉”属于亚里士多德，“数学”属于毕达哥拉斯式，“完善”属于柏拉图式，这个集合支撑了美的建构。这里的美已经包含了各个门类——音乐当然列在其中。
宗教音乐的发展也能印证阿奎那的看法。单声部、无伴奏的圣咏是中世纪音乐代表，格里高利圣咏就被看作是嗓音对上帝最为直接、单纯的表达。这后多声部复调音乐诞生了，奥尔加农纵向建构思维开启了数学模式的对位实践，寻找到数的比例、和谐之后，受难曲、清唱剧等宗教音乐就是对“完善性”的追求，如巴赫的《马太受难曲》、亨德尔的《弥赛亚》都是此类的集大成者。
从“音乐的神话”到“上帝的镜像”的讨论中，已经基本梳理清楚音乐结构的起步历程，即众神之咏叹。从神话时代起，到古希腊，再到中世纪，支撑音乐结构的总体特征就是“客观唯心主义的形而上”。“客观”是因为音乐与人的分离，音乐被作为客体对象而存在；“唯心”是指音乐建构不是来自其本身，而是音乐之外的“神明”、“理念”、“上帝”等；“形而上”，即对音乐终极原因的追溯，可以看作是音乐的本质，而且它并且充满神性。
在众多的哲学家中，亚里士多德、毕达哥拉斯、柏拉图又最为重要。其中亚里多德代表音乐的物理学；毕达哥拉斯代表音乐的数学；柏拉图代表音乐的形而上。至此，音乐结构也被分为三个层——感性层面的音乐物理学建构；智性层面的音乐数学建构；以及理性层面的音乐形而上学建构。因此，如何把亚里士多德、毕达哥拉斯、柏拉图融入一个体系，这或许就是中世纪阿奎那美学的最大贡献。
