这样的情况在南明史上数不胜数，很值得思索。《南明史》的作者认为，南明之所以只存在了短短十几年时间，是因为从朱元璋建立明朝那一天起，就埋下了两个制度上的重大隐患。正是这两个隐患，在两百多年间不断引发内部矛盾，不但导致了明朝灭亡，更在南明时期加剧了。
这位作者就是司徒琳，她是一位知名的美国汉学家。早在读研究生的时候，她就被南明这段历史的复杂性吸引住了，并对明清易代之际的历史非常关注。为了梳理南明的历史，她曾花费多年时间遍及世界多个地方，搜集包括中文、日文等多种语言文字在内的历史资料，搜集之全令人叹为观止。这本《南明史》，1984年首度出版的时候，就成为了首部英文版的、综合性的著作，引起了国际汉学界的瞩目。尤其对中国学者来说，是很吃了一惊的。因为相关资料残缺不堪，想做一个综合性的梳理很困难。1957年中国学者谢国桢的《南明史略》问世之后，国内一直没有类似的专著问世，更没有人能想到一个美国汉学家会写出这样一部书来。
司徒琳（Lynn A.Struve） 美国印第安纳大学历史与东亚语言文化教授，代表作有《南明史——1644-1662》《历史编纂和资料索引》《来自明清巨变的声音——虎口下的中国》（译著）等。
司徒琳这本书有三个特点，第一是她征引的文献奇多，包括中文、日文、西文在内，光是引用书目，就足足开列了27页之多。第二个特点，就是她的叙述风格非常简练优雅，南明历史涉及的人和事非常多，而司徒琳用一种很凝练的叙事风格，把重点串联起来了。最后一个特点，就是司徒琳写历史，并不先给人物和事件定性。按照历史学家朱维铮的观点，这恰恰是许多南明史论著的问题所在。比如有的论著把满汉之间的冲突简化为爱国与否的斗争，还把南明政权的建立归结为人民群众支持的结果，这就把历史简单化了。司徒琳的重点是梳理这些政权如何运作，由运作的过程去看人物如何行事，就此分析南明为什么会失败。
朱元璋在明朝建立之初，有两个选择导致了明代制度出现了重大缺陷。第一是他降低了军人地位，使武官越来越受轻视，而文官系统越来越强势，慢慢地导致了文武官员之间的矛盾越来越大；第二是他取消了宰相制度，使得谁来辅佐皇帝处理政务成为难题，各种政治力量对权力的追逐，形成了党争。这两点都严重消耗了国家的实力，南明政权也未能摆脱这两种制度缺陷，因而在很短的时间里就失败了。
但这两个问题不是在南明时期才出现的，而是在明朝建立之初，由于朱元璋对军人身份的限制，对开国武将的杀戮和削夺兵权，和对宰相这一职位的轻易撤销，才造成了制度上的隐患。这不仅困扰了明朝两百余年，更在南明诸政权生死存亡的关头，变本加厉，使这些小朝廷迅速崩溃。
南明史上出现过五六个政权，包括弘光政权、鲁王监国、隆武政权、绍武政权、永历政权等，它们无一例外地都陷入了文武之争，文官瞧不起武官，武官也不听文官指挥，这让南明始终无法有效调动军事力量，本该用来打仗的劲儿，一多半用来吵架甚至内斗了。
在隆武政权时期，有一次隆武皇帝大宴群臣，大臣黄道周和郑芝龙起了争执。黄道周是南明有名的文臣，是大学士，而郑芝龙，也就是郑成功的父亲，是个武官，官拜南安伯。两个人都是隆武政权倚重的大臣，之所以起争执，居然是为了谁在宴会上坐上座。争了半天，黄道周说，按照明代的祖训，就没有武官排在文官前面的先例，结果他坐了上座，弄得郑芝龙特别不高兴。
这两个人本来就有矛盾，从此以后就更不可调和。黄道周本来有心抵抗清军，但在郑芝龙掌管军事的情况下，他得不到一兵一卒，也没有任何后勤保障，只能自己募兵，自己筹款，召集了区区几千人，兜里揣着几千两银子当军费就去打仗了，结局当然是兵败被杀，隆武政权也就损失了一位相当重要的大臣。在司徒琳的《南明史》里，这样的文武之争比比皆是。
别看文官高人一等，其实在文官系统内部，也有一个身份认同的难题，这就是明朝没有宰相制度，这使得朝廷始终无法确定，谁应该是辅佐皇帝的人，又该怎么辅佐？这个身份的模糊，使得各派政治力量都觉得，自己有资格站在皇帝身边，掌握管理朝廷的大权，于是内斗不休，党争不断，这不但是明朝灭亡的另一个主因，也是南明败亡的第二大原因。
司徒琳认为，南明的朋党之争有挂羊头卖狗肉之嫌。比如说，永历政权里有两党之争，一个是吴党，一个是楚党。楚党说，他们要依照祖训拨乱反正，整顿朝廷的秩序，让得民心的人出来做官。他们宣称自己不是为了党派利益，而是大公无私地做事。晚明的很多党派也像这样，把自己塑造成这种君子形象，但他们所谓的驱除奸佞，其实就是赶走那些他们讨厌的人，安插自己这一派的人。
司徒琳讽刺地说，这些自诩为清流的人，为了整肃纲纪，把孩子和洗澡水一起倒掉了。
话说回来，如果政治家和将军们能协调一致，明朝很可能不会衰亡，政治家深谙教化之道，知道该用什么手段笼络人心，积聚政治力量，而将军们则提供了军事力量去保障这些手段的实施。与此同时，无论在文官还是武官系统的内部，都不能出现党争，由此产生的内耗是整个国家都承受不起的。明代始终没解决好这些问题，在南明时期的混乱局面下，各种利益的争斗就加了一个“更”字，因此使南明的君主世袭体系只存在了18年的时间，根本无力回天。
当然， 南明的失败也有其他因素，如输入到江南的粮食通道因战乱被破坏，造成供给不足，江南、福建等南明政权所在地的税收征集困难，无法支撑军费开支，此外还有皇帝的挥霍无度、买官卖官盛行等现象，导致了民心尽失等等。只不过在司徒琳的《南明史》中，她将此前讲述的两大缺陷作为了最重要的原因加以分析。
