【原】包教包会，表观必备技能之Genecards查看基因信息

昵称70100404 2020-09-24

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很多老师会有这样的疑问，高通量测序后得到的结果太多，哪个基因是关键的？比如做完ATAC-Seq后，染色质开放性发生变化的基因很多；做完ChIP-Seq后，组蛋白修饰/转录因子影响的基因很多；做完MeRIP-Seq后，m6A修饰有差异的基因也很多。虽然可以通过一些方式缩小范围，比如调整分析参数，或者RNA-seq进行联合分析，但还是可能会得到很长的基因列表，究竟哪个基因值得进一步研究呢？这时候可以从基因的信息着手，通过基因的定位、功能、参与的通路等信息判断是否关键基因。今天给大家介绍可以查看基因信息的数据库-Genecards。

Genecards（https://www./）是一个人类基因的综合型数据库，汇总了网络上约150个相关的基因数据库资源（包括基因组，转录组学，蛋白质组学，遗传学，临床和功能信息等）。该数据库可提供人类目前已注释的、可预测的所有基因的详细信息（如基因与表型间的联系、基因互作、信号通路、基因的临床意义等），是我们开展人类基因研究的重要工具。下面以TP53基因为例讲讲具体的使用方法。

搜索感兴趣的基因

数据库的使用很简单，就是输入我们想要检索的基因即可。Genecards 有三种检索模式：1）直接基因检索模式；2）信息类型检索模式；3）高级检索模式。

搜索结果的呈现

检索完之后，我们就可以看这个基因相关的信息了。Genecards 在搜索结果的最上端给出了基因相关各部分信息的section。由于信息较多可通过 Jump to section 功能直接进入到自己感兴趣的部分。GeneCards中每个基因总共有18个section。

基因名称的信息

对于一个基因会有很多名字，我们查的可能是基因的曾用名，所以GeneCards中就有一项是Aliases（基因别名）。该网站收录了很多其它网站（HGNC、 NCBI，uniprot…）的基因名，而且你还可以点击对应名称到相应网站（见下图红色方框）。

主要部分section内容的简单介绍

（1）Summaries

在Summaries 这个模块中，Genecards汇总了多个数据库（如 NCBI 、CIViC， UniProtKB等），对我们要查看基因功能的总结描述，可以让我们更方便更快速的了解这个基因，点击箭头可进入对应的数据库进行查看。

（2）Genomics

在基因组这个模块中，我们可以看到目标基因在基因组当中的位置及长度。

另外，由于基因组对于基因表达的调控，主要是通过转录调控来实现的，所以数据库总结了很多转录调控的信息。我们在这里可以查询到这个基因可能受到哪些转录因子的调控，包括转录因子结合位点、启动子和增强子等调控元件的信息，基因序列结构，基因定位图等一系列信息。

（3）Proteins

对于基因蛋白，同样的也是汇总了蛋白的基本信息，三维结构，可变剪切异构体等信息。另外关于蛋白的调控，也存在翻译后调控，所以 GeneCards 利用 UniprotKB，neXtProt 和 GlyConnect 三个数据库注释了相关的翻译后调控信息，另外还通过PhosphoSitePlus注释了其磷酸化位点。