今天详细聊聊环境变量吧。这个十分常见而基础的问题，想必经常困扰初学者，属于众多“我问了，人家也答了，我还看了帖子，但始终没搞明白”的问题之一。岛主试试用写科普的啰嗦风格解释一下。今天还会出现export/ln/alias等指令，不展开，想必大家也知道岛主想说啥了。
. Q55：常听说装完软件要添加环境变量，到底是什么意思？有时你明明安装成功了某个软件，却无法启动。输入指令后提示“command not found”。
这时，先排除拼写错误，大小写混淆等。
如果拼写和安装本身没有问题，最有可能是命令的执行文件不在系统默认的搜索路径中，系统搜了一圈没找到它。 系统的环境变量是一个内置的参数：PATH。还记得前两天讲过用echo可以查看变量吗？无论是自己定义的变量，还是这种内置变量，都可以用echo来查看：echo $变量名
所以，查看当前系统环境变量PATH就是： echo $PATH
/usr/local/sbin:/usr/bin:/Users/ialbert/bin:/home/ubuntu/miniconda3/bin
每个人的系统设置不同，显示结果可能不太一样。
乍一看，长长一串很让人头晕。但仔细看一下，会发现： PATH的内容是多个目录，彼此由冒号（:）隔开，除此之外也没啥玄机了。当你启动某个命令或软件，系统会按这些目录的顺序寻找相应的启动文件。我们可以用which指令查看某命令当前的位置，如： $ which samtools
/usr/bin/samtools
$ which nanopolish
/home/ubuntu/miniconda3/bin/nanopolish
你会发现，能正常使用的指令，其路径在PATH变量里都有迹可循。如果都找不到，系统就会报错。前几天介绍的生信分析必备的软件管理系统conda（我们装的是其精简版miniconda3），就能有效避免这种问题。
你是否还记得，最初安装miniconda的时候，中途会问你： Installation finished
Do you wish the installer to initialize the Miniconda3
in your home/user/.bashrc? [yes|no]
[no]>>> # 新手一般此处输入yes
回答yes，就是允许conda自动帮你配置环境变量。于是它会在PATH变量中添加一个属于它的目录，如/home/ubuntu/miniconda3/bin/。此后，用conda install安装的软件，其执行文件就会自动收在这个目录下，那自然也就包含在PATH变量里了，使用起来通常没啥问题。
但conda并没有收录所有的软件。有些很新、或不能用conda安装的软件，就需要手动安装。而如果启动文件的位置比较特立独行，不在PATH已有的范围里，这时你就需要手动帮它归队了。 . Q56：如何手动添加呢？当然是修改PATH变量啦，把那个软件所在的目录用冒号:目录路径追加进PATH里就好了。
这种修改分两种，临时和永久。
临时，顾名思义，仅限当前有效，重启Linux系统后就没用了。永久添加，就是彻底写进系统的脚本文件里。如home目录下的~/.bashrc文件，其中记录了对当前用户有效的各种系统默认设置，每次启动Linux系统，这些设置都会自动生效。 临时修改：
用到export命令。 用法：export 变量名=变量值
我们需要在PATH那一长串后追加新目录，写在冒号后就行了：原PATH：追加目录。假设你要追加的目录是 /your_free_style_path/ （瞎编的）： export PATH="$PATH:/your_free_style_path/"
切记，这里原PATH的内容（$PATH）要保留，冒号后再追加新内容，否则其他软件都不能用了。
有些帖子里的顺序可能是追加目录：$PATH，$PATH变量放在了后面。这其实无所谓，只是系统搜索时的先后顺序不同，追加在前面就先搜索前面的。 如果你在不同目录下装了同一款软件（比如不同版本），启动命令相同，那么按照PATH里的目录顺序，先搜到谁就用谁。除非你对另一个重命名以作区分。 # 打开 ~/.bashrc的编辑模式
vim ~/.bashrc
# 找到 PATH 变量的内容，手动把`:/your_free_style_path/`写进去。
# 退出vim，要激活修改才能生效。
source ~/.bashrc
记得用>> echo export PATH="$PATH:/your_free_style_path/" >> ~/.bashrc
. Q57：除了改PATH还能怎么做？受修改变量的启发，还有一个非常有用的重命名指令alias，用惯了简直爱不释手。基本用法是：alias 别名='原命令 -参数' 比如说，你要用的软件叫toolx，试体会一下： alias toolx = '/your_free_style_path/toolx'
以后每当你敲toolx，实际敲的是/your_free_style_path/toolx，路径跟着走，这样也可以愉快地使用软件了。同样，要把这句写进 ~/.bashrc 里并激活，否则效果也是临时的。
alais非常好用。由于可以带着参数一起重命名，就可以这么用： # 简化常用指令：
alias ll = 'ls -l'
# 指定最近常用的工作目录,方便随时跳转
alias work ='~/project/analysis/variants/'
cd work
# 简化软件的常用代码，比如一步激活一个conda小环境：
alias clairev='conda activate clairvoyante-env'
. Q58：如果我不想动配置文件呢？假设你正在一个目录里分析数据，最近你的工作都在这里，有个软件出现了上述情况，但你不想动系统的配置文件，有办法吗？ 有的。你可以把那个软件的启动文件链接过来，就像“新建快捷方式”一样。注意链接要具体到文件名。 ln -s [对象的路径] [目标位置]
ln -s /your_free_style_path/软件名 ./
其实，既然可以链接到当前目录，何不链接到PATH下的某个目录（如/usr/bin/），更加一劳永逸？ cd /usr/bin/
ln -s /your_free_style_path/软件名 ./
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