8分纯分析文章套路，MERS-CoV, SARS-CoV-1 和SARS-CoV-2编码circRNA的鉴定和描述

导读：

进入2020年12月份，新冠病毒（COVID-19）感染了全球超过6600万人，造成近200万人死亡。全球的科技工作者都在日夜奋战，从基因组，转录组，蛋白组，代谢组，流行病学等等方面研究病毒的特征，希望能够早日研发出新冠疫苗。

来自Briefings in Bioinformatics（IF:8.517）的这篇文章给我们带来了3种威胁人类生存的病毒MERS-CoV, SARS-CoV-1 和SARS-CoV-2的circRNAs分析。我们以这篇文章为例，讨论下纯生信文章发文思路，并展示下微生信（http://www.）在线绘图平台的易用性和实用性。

背景简介：

冠状病毒（coronaviruses）是一大类直径125nm，基因组大小从26k-32k的RNA病毒，分成4个属：Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus。这里分析的3种病毒属于Betacoronavirus 。其基因组构成包括：11个ORF（编码15-16个非结构蛋白），4个结构蛋白（Spike，Envelope，Membrane，Nucleocapsid protein）和5-8个辅助蛋白。除了这些ORFs外，发现在感染过程中，它们还编码一些非编码RNA（noncoding RNA）。例如，SARS-CoV编码的3个small RNAs与肺致病感染相关；SARS-CoV-2包含许多未知ORFs。因此，病毒编码非编码RNAs在感染过程中起着重要作用。

环状RNAs（circRNA）是一类共价闭合长非编码RNA，没有3’ployA尾和5’cap。CircRNA主要通过3种机制产生：互补序列介导的环化，RNA结合蛋白驱动的环化和套索（lariat）驱动的环化。CircRNAs可以通过作为miRNA海绵（例如ciRS-7吸附miR-7），结合蛋白（例如circROXO3结合CDKNB1抑制细胞周期进展）或者编码蛋白（例如TC-hsa-PKP4_0070）发挥功能。由于circRNAs不受RNA外切酶影响，表达更稳定，因此它们是理想的biomarker，例如敲除hsa_circ_0000064可以阻断肺癌组织/细胞周期进展，促进细胞凋亡。

文章思路：

结果展示：

我们以文章中的图vs 微生信（http://www.）在线作图例图为例，展示下文章的结果。

  

  

  

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以上6张图作图地址分别为：

堆叠线图：http://www./plot_basic_line_stack_plot_060

Venn图：http://www./plot_basic_proportional_2_or_3_venn_diagram_028

堆叠柱状图：http://www./plot_basic_vertical_stack_bar_plot_075

柱状图绘：http://www./plot_basic_group_vertical_barplots_073

密度图：http://www./plot_basic_kernel_density_estimaton_plot_036

3合1图：http://www./plot_basic_GO_term_bp_cc_mf_bar_plot_046

文章中的ceRNA网络图：                      

  

总结：

本文以GEO数据库下载的数据为出发点，利用生物信息学分析方法分析了3种病毒中的circRNAs，研究了它们的表达，功能等特征，并将结果存储在VirusCircbase数据库中供查询，为冠状病毒的研究提供了新思路、新材料。

能够纯生信发8分的文章，我们认为以下为其加分点，可供借鉴！

1， 冠状病毒，研究热点

2， VirusCircbase数据库，方便查询

3， 分析内容较全面（表达，序列，功能等）、可靠（多种工具）

参考文献：

Identification and characterization of circRNAs encoded by MERS-CoV, SARS-CoV-1 and SARS-CoV-2

https:///10.1093/bib/bbaa334