第一步：打开网站https://wlab.ethz.ch/protter/start/第二步：设置Protein你可以在这个页面输入需要标注
的蛋白名称或具体的氨基酸序列(Uniprotproteinaccession)，蛋白名称可通过基因名称在UniProt(htt
ps://www.uniprot.org/)数据库获取。将获得的标准名称输入到如图对话框，点击“submit“即可。当然也可以输入
蛋白质列表（enteralistofproteins）。输入Protter对话框：如果要输入特定氨基酸序列，只需切换到“b
ysequence”选项，然后在文本框中输入已知序列，或通过加载FASTA文件实现输入。输入后点击submit按钮，页面会呈现出
该蛋白的默认拓扑结构注释图第三步：设置Topology在这里你可以对结构图整体做调整，包括是否显示膜结构，蛋白跨膜区域范围。No
membrance：选择“nomembrane”，即可在图中不展示膜结构；Automatic：页面展示自动生成的拓扑结构，对于
输入UniProt标识符的情况，展示的是带UniProt自动注释的拓扑结构，对于输入氨基酸序列的情况，展示的是Phobius预测的
拓扑结构；Custom：对膜内区域和跨膜区域序列做出自定义。第四步：设置Styles在这个功能中，你可以使用自定义样式来突出显示蛋
白质序列的某些区域。这一步可以根据已有的实验数据列表，在“region”中对每一个位置的氨基酸做出设定。包括氨基酸字母的颜色，氨基
酸符号的形状，符号的框架颜色，符号的背景色。你也可以在“region“中自定义序列范围，对该类别颜色和形状做出调整用以突出显示。选
择“+”按钮，可以增加注释项。“delete”按钮可以删除对应注释项。比如在Region区域直接输入氨基酸位置列表（如1，3，4，
每个位置一行），在最终形成的拓扑结构图的1，3，4号氨基酸位置则会显示对应的“shape”和“color”，即在一个“name”分
类下快速完成多个变异位点一次性设定。注释用的颜色，可以从140种SVG兼容颜色中进行选择。第五步：设置Miscellaneous在
该项中，可以调整蛋白展示的细节，包括膜的颜色，跨膜区标识的颜色和样式；可以在“protease“中选择需要的蛋白酶，这样在最终展示
中，会用虚线显示对应蛋白水解酶的酶切位点；可以选择是否每十个氨基酸标注位置；可以选择是否添加图例。第六步：导出标注好的结构图在展示
区域，你可以放大、缩小或刷新结构图，可以将蛋白质可视化结果下载为PDF，SVG或PNG文件，也可以发送图的链接等，在”openi
nUniProt”选项，可以查找到蛋白质的功能、序列、二级机构图等更多信息。 |
|
