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对于所有开展植物科学相关研究的科研工作者和学生群体而言，各类数据库和分析平台的建立和更新维护为植物的组学、功能、进化以及遗传育种等方面研究提供了丰富的资源，具有重要的理论指导意义和应用价值。通过总结目前已有的植物科学相关的数据库资源和分析平台，调查其使用频率和应用程度，可以为大家更好地开展科研工作提供便利。 Mol Plant植物科学公众号在今年6月份推出了《植物科学常用数据库和生物信息学工具调研2020版》，收到大家的广泛关注和积极评论，也被各大植物科学公众号分享转载。通过大家的交流和留言及MP团队的后期收集，我们补充更新了一些没有关注到的资源，进一步整合后推出《植物科学常用数据库和生物信息学工具 2020正式版》分享给大家。  News 通用数据库 http://bigd./databasecommons/ 国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息 https://www.ncbi.nlm./ 美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站 https://www./nar/database/cat/13 牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站 http://abc./index.php 北京大学应用生物信息学中心 https://www./ 瑞士生物信息研究所的生物信息资源门户网站，涵盖各种生物研究数据库和软件工具 http://www.bioinfo./ 作物基因组、遗传和育种研究的分析计算工具和数据库 https://www./ 农业生物数据库和相关资源综合平台 https://phytozome.jgi./pz/portal.html 植物比较基因组学资源库 https://bioinformatics.psb./plaza/ 植物比较基因组学数据库 http://www. 集成植物基因组学、表型和遗传学数据的共享型平台 http://harvest./ 作物EST序列及相关分子信息数据平台 http://www./ 用于作物和模式物种的比较功能基因组学分析的综合平台 https://www./ 蛋白质序列和功能信息资源数据库和分析平台 http://urgi.versailles./ 针对有农学意义的植物研究生物信息平台 http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php# GO分析工具包和数据库综合平台 http://www./AraQTL 基于Web的用于表达定量性状位点（eQTL）研究的工作台和数据库 http://www./ 植物基因组序列数据库 https://mpss./index.php 二代测序（NGS）数据库，包括植物的RNA和基因组信息资源 http://pgsb./plant/plantsdb.jsp 植物基因组数据库 http://systemsbiology.cau.edu.cn/chromstates/ 植物染色质状态信息数据库 http://bioinf.scri./cgi-bin/plant_snorna/home 植物snoRNA基因数据库 http://bioinformatics.psb./webtools/plantcare/html/ 植物顺式调控元件、增强子和抑制子数据库 http://metacrop. 作物代谢途径数据库 http://podb./Organellome 植物器官研究数据库 http://www. 植物细胞的信号转导分析数据库 http://www. 植物-病原体相互作用的信号转导相关物质成分数据库 http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/ 植物转录因子数据库 http://plntfdb.bio./v3.0/ 植物转录因子数据库 http://psorf./ 植物小型开放阅读框架（sORF）数据资源库 http://uorflight./ 植物uORF翻译调控相关数据库 https://apex./apex/f?p=116:1 作物EST数据库 https://www.dna.affrc./PLACE/?action=newplace 植物顺式调控DNA元件数据库 https://webapps.plantenergy./applications/mpic/ 植物线粒体蛋白运输元件数据库 https://bioinformatics.cse./fat-ptm 用于分析蛋白质和代谢途径的翻译后修饰数据库 http://sundarlab./smrnas/ 谷物特别是水稻和玉米的小RNA数据库 http://ppdb.tc./default.aspx 拟南芥和玉米蛋白质组数据库 http:/// 基于互秩指数统计特性的植物共表达数据库 http://ibi./plantcircbase/ 植物Circular RNAs数据库 http:///cgi-bin/crispr/index.cgi 植物基因编辑数据库，收集CRISPR / Cas9技术产生植物的信息 https://www./TryWeb/Home.php 植物性状全球数据库 http://chibba.agtec./duplication/ 植物基因和基因组加倍的数据库 http://www./ 生物microRNA数据库 http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/ 植物microRNA数据库 http://bis./pmirkb/ 模式植物拟南芥和水稻的microRNA数据库 http://genome.ppws./cgi-bin/MLST/home.pl 植物相关微生物的多基因座序列分型和分析数据库及网站 http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA 植物基因集富集分析平台 http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD 植物非编码RNA数据库 http://amp.pharm./datasets2tools/landing/tool/PLncDB 植物长非编码RNA数据库 http:///prgdb/ 植物抗病R基因数据库 https://www./aranet/ 拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库 http://greenc./wiki/Main_Page 基于Wiki的植物长非编码RNAs数据库 http://ppdb.agr./ppdb/cgi-bin/index.cgi 植物启动子数据库 http://www./ 植物miRNA综合数据库 http://www./ 水稻、小麦和大豆的分子育种资源库 http://epigenome.genetics./PlantMethylome/ 植物DNA甲基化数据库 http//bioinfo.sibs.ac.cn/plant-regulomics 从植物多组学数据中检索获取上游调控因子的数据驱动平台 http://autosnpdb./ 植物SNP检索数据库 http://www./ 植物蛋白磷酸化数据库 http://phytamp./main.php 植物天然抗菌肽数据库 http://bis./pcernadb/index.jsp 植物竞争性内源RNA数据库 http://www./plamom/ 用于检索，分析和预测植物移动大分子包括RNA和蛋白质的数据库平台 https://cvalues.science./ 用于获取和比较植物基因组大小的数据库 https://plantreactome./index.php?lang=en 植物代谢和调控通路数据库 http://plantpis.ba.itb./ 植物蛋白酶抑制剂数据库 http:/// 植物DNase I超敏位点数据库 http://bis./pnatdb/ 植物天然反义转录本（Natural Antisense Transcripts）数据库 http://linux1./berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom 植物启动子数据库 http://www./PMDBase/ 用于研究植物物种和基因组进化中的微卫星DNA和标记开发的数据库 http://pogs./#/ 旨在促进有关植物基因功能和基因模型的跨物种推断的关系数据库 http://plants./ 植物蛋白复合物组分以及蛋白间稳定互作图谱数据库 News 拟南芥 www.arabidopsis.org 最为常用的拟南芥遗传和分子生物学数据资源库 http://rarge.gsc./ 拟南芥cDNA、突变体和微阵列数据库 https:/// 1001 Genomes：拟南芥遗传变异目录 https://aragwas./#/ AraGWAS：用于拟南芥的GWAS标准结果的公共人工管理数据库 http://www./ 拟南芥的全基因组范围的假定的转录因子结合位点数据库 https://www./ 拟南芥的基于侧翼序列标签（FST）的T-DNA插入突变体查找库 http://www.plprot./ 拟南芥质体蛋白数据库 http:/// 拟南芥发育关键基因数据库 http:/// 拟南芥蛋白的亚细胞定位数据库 http:/// 基于RNA-seq分析的拟南芥基因表达谱数据库 http://atrm.cbi.pku.edu.cn/ 拟南芥转录调控图谱数据库 http://wanglab./rootatlas/ 拟南芥根部单细胞RNA测序数据库 http://ipf./pub/athrna/ 拟南芥RNA-seq数据资源，可探索20,000多种已发布的拟南芥RNA-Seq库 News 水稻 http://www./index.htm 国家水稻数据中心 https:///bgi-ris-tool BGI-RIS：水稻以及其他谷类作物和植物基因组研究的信息资源和分析平台 http://rapdb.dna.affrc./ 粳稻日本晴基因组注释计划 http://rice.plantbiology./ 粳稻日本晴基因组注释计划 http://redb./ 水稻EST数据库 http://rmd./ 水稻突变体数据库 http://signal./cgi-bin/RiceGE 水稻功能基因组表达数据库 https://tos.nias.affrc./ 水稻逆转座子Tos17插入突变数据库 http://urgi.versailles./OryzaTagLine/ 水稻T-DNA插入突变数据库 http://server./ricd/ 籼稻cDNA数据库 https://shigen./rice/oryzabase/ 水稻遗传学和基因组学数据库 https://ricefrend.dna.affrc./ 水稻基因共表达数据库 https://ricephylogenomics./cellwalls/gt/ 水稻糖基转移酶数据库 http://rice./rice/ 籼稻基因组的综合生物信息学平台 https://www.genome./cgi-bin/rite/index.cgi 稻属和假稻属的重复序列和转座因子（TEs）数据库 https://ricexpro.dna.affrc./index.html 水稻表达谱数据库 http://ricevarmap./v2/ 水稻基因组变异及其功能注释综合数据库 https://snpseek./index.zul 水稻SNP检索数据库 http://funricegenes./ 水稻已克隆基因的数据库 http://ibi./ricerelativesgd/ 水稻相关物种基因组数据库 http://www./rice/index.html 水稻专属的表观组学数据库 News 其他重要植物 http://www./ 小麦基因组信息数据库 https://www./ 小麦基因图谱和数据共享的综合基因组平台 http://wheat.cau.edu.cn/TGT/ 小麦族同源基因数据库 https:/// 小麦蛋白质组数据库 http://202.194.139.32/ 小麦组学大数据可视化网站 http://wheat.pw. 小麦族和燕麦属的分子和表型信息数据库 http://wheat.cau.edu.cn/Wheat_SnpHub_Portal/ 小麦及其祖先的基因组变异数据库 http://earth./~dclust/cgi-bin/index.cgi 大麦种质资源和基因组分析数据库 https://apex./apex/f?p=284:10:::::: 大麦基因组资源平台 http://maize./ 玉米基因组数据库 https://www./ 玉米基因组和遗传分析平台 https://www./ 玉米及其野生近缘种的基因组工程资源库 http://bioinformatics.cau.edu.cn/MCENet/ 玉米多组学基因网络分析平台 http://www./ 适应玉米多组学时代的综合数据库 https:/// 大豆基因组学和分子生物学数据库 http://proteome.dc.affrc./cgi-bin/2d/2d.cgi 大豆蛋白质组数据库 http://www./LegumeWeb/ 国际豆科植物数据库和信息服务 https://www./ 棉花基因组学，遗传学和育种数据库 http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/ 棉花功能基因组学数据分析平台 http://magen./ 锦葵科比较基因组数据库 http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/ 二倍体和多倍体棉花基因网络与功能模块比较分析平台 http://ted.bti./ 番茄功能基因组数据库 https://www./tomatonet/ 番茄的复杂性状挖掘的全基因组协同网络平台 http://ted.bti./epigenome/ 番茄表观基因组数据库 http://tea./ 番茄基因及其产物的高分辨率图谱和搜索工具 http://tomexpress.toulouse./ 番茄转录组数据可视化和分析平台 https:/// 茄科物种基因组测序数据库 http://tropgenedb./ 管理热带作物的遗传和基因组信息的数据库 http://medicinalplantgenomics./participants.shtml 药用植物基因组和代谢组资源库 http:///projects/Pomamo/ 马铃薯生物信息数据库 http://vitisgdb./ 葡萄育种和遗传信息综合数据库 http://structuralbiology.cau.edu.cn/sorghum/ 高梁功能基因组学数据库 http://structuralbiology.cau.edu.cn/SIFGD/ 谷子功能基因组学数据库 http://pepperhub./pegnm/ 辣椒基因组信息数据库 https://www./wheatnet/ 面包小麦的全基因组规模功能基因网络数据库 http:///brad/ 重要芸苔属作物全基因组规模的遗传数据库 http://rapeseed./home 油菜种质资源遗传信息共享平台网站 http://cbi./bnapus 甘蓝型油菜泛基因组数据库 http://www./ 芸苔属作物基因组数据库 http:/// 葫芦科植物基因组数据库 http:/// 咖啡基因组学、遗传学、育种数据和分析工具 http://tropgenedb./tropgene/JSP/index.jsp 管理热带作物基因组，遗传和表型信息的数据库 https://www./ 蔷薇科植物基因组数据库 News 可用于植物研究的生信工具 https://ols/ 生物信息学和生命科学软件工具门户 http://abc./tools.php 北京大学应用生物信息学中心工具库 https://github.com/CJ-Chen/TBtools/releases Tbtools：用于生物大数据交互式分析的集成工具包 http://www.cbs./services/TargetP/ TargetP：亚细胞定位/N端功能肽预测 http://bioinformatics.cau.edu.cn/easygo/ EasyGo：提供一系列待查基因的功能注释以及微阵列探针信息 http://smart./ SMART：蛋白保守结构域预测工具 http://biology-assets./GenAlEx/Welcome.html GenAlEx：群体遗传分析软件 https://mapman./mapman-download/ MapMan：适用于多组学数据分析的蛋白质分类和注释框架 https:/// GENEVESTIGATOR: 转录组数据挖掘比对云平台 http://skl./ CRISPR-GE: 用于CRISPR基因组编辑的便捷软件工具包 http://skl./dsdecode/ DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具 https://github.com/srbehera11/stag-cns STAG-CNS：一种可用于任意数量物种的顺序保守非编码序列发现工具 http://www./FED FED：基因组编辑外源成分检测平台 https:/// GeneCloud：使用语义技术来扫描特定基因列表的基因描述 https://mafft./alignment/server/ MAFFT：在线的序列比对工具 http://wlab./protter/start/ Protter：在线蛋白结构绘制工具 https://www./evolview/ EvolView：用于可视化，注释和管理系统树的网络工具 https://itol./ iTOL：用于显示，注释和管理系统发育树的在线工具 https://orthovenn2./ OrthoVenn2：多物种直系同源基因簇比较和注释在线服务工具 http://bioinformatics.cau.edu.cn/ARSER/ ARSER: 生物节律表达谱波形分析 News 植物研究专用工具 http://www.bar./welcome.htm BAR：植物生物学分析工具平台 http://crispr./CRISPR2/ CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包 https://www./act/ ACT：拟南芥共表达分析工具 http://orygenesdb./ 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