有小伙伴后台留言说想知道 GEPIA 数据库的用法,正好最近一段时间GEPIA2更新了,其中也更新了一些新的功能。所以就趁着这个机会给大家介绍一下GEPIA2吧。 新版本的GEPIA添加了很多功能,我们就一个一个来讲解吧。其实功能讲解挺简单的,由于小编太絮叨了,所以就只能分两期来说明了。
1 一般检索 结果展示方面:
2 差异表达分析 对于基因差异表达分析的这里多说两句,GEPIA2 使用的候选方法是 limma 或者ANOVA。但是对于RNA-seq的数据,目前对于差异表达的分析的方法标准还是使用count 数据来进行分析,分析方法选择 Deseq2 或者 EdgR 都可以。由于GEPIA里面背景数据集是 TCGA 的 TPM 数据,其实用limma(这个一般是用来分析芯片数据的方法)也行,但是其中有一些基因差异结果肯定是不一样的。 另外:GEPIA 默认的时候 ANOVA 分析差异,如果要还limma的话,记得先还分析方法在选择癌种。不然你如果先选择了癌种,然后再选分析方法,然后数据库就默认把你的癌种调回ACC了。血的教训😂。非代码的操作还是要谨慎再谨慎的。 结果的展示分别可以通过列表和一个染色体分布图来展示的。
3 表达数据自定义
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