Qiime质控很快,但是去除嵌合体就不那么迅速了,上次16s分析之Qiime序列拼接没有给出数据和运行界面,可能体验会差一些,这次我给加上; 先说说质控命令: split_libraries_fastq.py -i input_folder -ooutput_folder 参数设置参照:
质控参数文件设置参考:
下面开始运行: 参数文件我设置、(当然可以根据数据修改): 命令输入:
下面是运行界面(Terminal输入操命令过多会很繁杂,可以输入clear:清楚当前界面): 结果展示,这条质控命令会将所有分开的文件全部合并在一起,并且序列都会编号好: 去除嵌合体,我们下载一个gold.fa数据库,下载网址: http:// drive5. com/uchime/gold.fa 另外,我们下载usearch61,下载地址,下载下来修改名称为usearch61: http://www./usearch/download.html 下面基于对我们的Qiime安装usearch61: 请先进入根目录:
界面在password里面输入密码qiime: 将文件复制到/usr/bin/下:
运行:
即可安装成功输入usearch61,即可显示相关信息: Qiime上去除嵌合体命令如下:
参数参考设置:
两种方法,ChimeraSlayer会很慢,但是usearch61会很快,那种好,我也不好说,但是我一般用usearch61 下面开始输入命令: identify_chimeric_seqs.py -m usearch61 -i~/Desktop/gzhcs_split/seqs.fna -r /home/qiime/Desktop/Shared_Folder/gold.fa -ogzhcs_usearch61_chimera_checking/ 运行界面: 跑完界面文件: 里面的chimeras.txt文件即为嵌合体文件我们运行下一条命令去除这些嵌合体: 下面我们将嵌合体过滤:
参数简介:
命令界面: |
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