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日本医疗机构主要有三种：医院、一般诊所及牙科诊所。对其按所有制、等级及功能分类，可分为特殊职能医院、地域医疗支援医院、结核病医院、精神病医院、中小型医院等。
特殊职能医院的医疗技术、设备和水平更先进，更权威。类似于国内的大型三甲医院，多数为大学医学院体系下的附属医院。
需具备以下条件1、能提供高精尖医疗，高精尖医疗技术研修和先进医疗技术引进、开发及评价；
2、病人转诊率50%以上；
3、病床数400张以上；
4、人员配置：
5、除了具备综合医院的基本设施外，还必须设有重症监护室、无菌室和药物信息控制室；
6、拥有健全的医疗安全管理体制；
7、原则上遵守16个规定的临床科室；
8、评论期刊上发表的英文论文数一年70篇以上等。
截至2019年4月1日，日本共有86家“特殊职能医院”。 1、关东地区（茨城县、栃木县、群马县、埼玉县、千叶县、东京都、神奈川县） 顺天堂大学附属顺天堂医院 筑波大学附属医院 群马大学医学部附属医院 埼玉医科大学附属医院 防卫医科大学病院 千叶大学医学部附属医院 国立癌症研究中心东医院 癌研有明医院 杏林大学医学部附属医院 庆应义塾大学医院 国立癌症研究中心中央医院 独协医科大学附属医院 自治医科大学附属医院 昭和大学医院 帝京大学医学部附属医院 东京医科齿科大学医学部附属医院 东京医科大学医院 东京慈惠会医科大学附属医院 东京大学医学部附属医院 东邦大学医疗中心大森医院 日本医科大学院附属医院 日本大学医学部附属板桥医院 北里大学医院 公立大学法人横滨市立大学附属医院 圣玛丽安娜医科大学医院 东海大学医学部附属医院 （上下滑动可查看更多） 2、北海道地区（北海道） 旭川医科大学附属医院 札幌医科大学附属医院 北海道大学医院 3、北陆地区（新泻县、富山县、石川县、福井县） 新泻大学齿科综合医院 富山大学附属病院 金泽医科大学医院 国立法人金泽大学附属医院 福井大学医学部附属医院 4、中部地区（长野县、山梨县、岐阜县、爱知县、静冈县） 山梨大学医学部附属医院 信州大学医学院附属医院 国立大学法人岐阜大学医学部附属医院 静冈县立静冈癌症中心 滨松医科大学医学部附属医院 爱知医科大学医院 名古屋市立大学医院 名古屋大学医学部附属医院 藤田医科大学医院 （上下滑动可查看更多） 5、近畿（滋贺县、京都、大阪、兵库、奈良、和歌山、三重县） 滋贺医科大学医学部附属医院 京都大学医学部附属医院 京都府立医科大学附属医院 大阪医科大学附属医院 大阪市立大学医学部附属医院 大阪大学医学部附属医院 大阪国际癌症研究中心 关西医科大学附属医院 近畿大学医学部附属医院 国家心血管疾病研究中心 神户大学医学部附属医院 兵库医科大学医院 公立大学法人奈良县立医科大学附属病院 和歌山县立医科大学附属医院 三重大学医学部附属医院 （上下滑动可查看更多） 6、中国地区（鸟取县、岛根县、冈山县、广岛县、山口县） 鸟取大学医学部附属医院 岛根大学医学部附属医院 冈山大学医院 川崎医科大学附属医院 广岛大学医院 山口大学医学部附属医院 7、四国地区（德岛县、香川县、爱知县、高知县） 德岛大学医院 香川大学医学部附属医院 爱媛大学医院部附属医院 高知大学医学部附属医院 8、九州（福冈、佐贺、长崎、熊本、大分县、宫崎县、鹿儿岛县） 九州大学医院 久留米大学医院 职业医科大学医院 福冈大学医院 佐贺大学医学部附属医院 长崎大学医院 熊本大学医学部附属医院 大分大学医学院附属医院 宫崎大学医学部附属医院 鹿儿岛大学医院 （上下滑动可查看更多） 9、东北地区（岩手县、青森县、宫城县、秋田县、山形县、福岛县） 弘前大学医学部附属医院 岩手医科大学附属医院 东北大学医院 秋田大学医院 秋田大学医学部附属医院 山形大学医学部附属医院 公立大学法人福岛县立医科大学附属医院 10、冲绳地区（冲绳县） 参考来源： https://www.mhlw./stf/seisakunitsuite/bunya/0000137801.html
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