【原】向GEO数据库提交数据-你想知道的都在这

  

欢迎来到医科研，这里是白介素2的读书笔记，跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO、SEER数据挖掘。

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1. GEO数据库是什么？

GEO数据库是免费的公共数据库，数据由全球科研工作者提供，包括高通量测序数据， 芯片数据，以及其它形式的功能基因组学数据，除此以外还提供网页查询下载， 分析工具。

2. 为什么要向GEO提交数据？

大多数杂志要求高通量向数据库提交，作者文章中需包含序列号，同时也能增加文章被看到的机会。

3. 如何提交数据？

文章在审稿之前，需要将数据存储至GEO. 一般从提交完成到处理需要5个工作日的时间。在文章发表之前，数据可不对公众开放，最长的时间是3年。在数据公开前10天，GEO会有邮件提醒。提交者可以获得私密链接，向杂志和审稿人出示。

4. 何时获得GEO accession number?

一般提交后5个工作日，管理员会审核，审核时间长短不定。在收到管理员邮件确认之前不要引用GEO号。

5. 文章发表后数据能否不公开？

不可用， 当文章中使用了GEO序列号， 即便是预印本发表，数据将会由管理员公开。