【原】联合数据库挖掘免疫检查点图谱10分文章

医科研 2021-01-25

展开全文

欢迎来到医科研，这里是白介素2的读书笔记，跟我一起聊临床与科研的故事, 生物医学数据挖掘，R语言，TCGA、GEO, SEER数据挖掘。

2019年10月30日 JNCI J Natl Cancer Inst杂志在线发表了贝勒医学院Meenakshi Anurag等人的 Luminal B 乳腺癌的免疫检查点图谱研究成果。

背景

与雌激素受体（ER）阴性乳腺癌不同，ER阳性乳腺癌预后受淋巴细胞含量的影响较小，表明存在针对该疾病亚群的免疫耐受机制。

方法

对Alliance / ACOSOG Z1031新辅助芳香化酶抑制剂（AI）试验的芯片数据进行的监督分析确定了Luminal B乳腺癌中与AI耐药肿瘤增殖相关的基因上调基因（Pearson相关系数r≥0.4与Ki67）（33例Ki67> 10与AI敏感性更高的Luminal-B乳腺癌相比（33％Ki67 <10％AI）。使用Webgestalt进行了代表性过多的分析。

结果

结果：30个候选基因与Luminal B中的AI抗性增殖正相关（r≥0.4），并被上调了> 2倍。基因本体论确定，可靶向的免疫检查点组分IDO1，LAG3和PD1是过度表达的耐药候选物（p≤0.001）。IDO1 mRNA高与管腔B型疾病预后差有关（METABRIC，HR = 1.43，CI 1.04-1.98，p = 0.03）。在管腔B型疾病中，IDO1在蛋白质水平上也与STAT1显着相关（Pearson's r = 0.74）。作为复合的免疫耐受特征，IFN-γ/ STAT1通路成分的表达与更高的基线Ki67，更低的雌激素和孕激素受体mRNA水平以及较差的疾病特异性存活率相关（p = 0.002）。在组织芯片分析（TMA）中，在基质细胞和与肿瘤相关的巨噬细胞中观察到IDO1，在Luminal-B病例中发生率更高。此外，IDO1的表达与巨噬细胞的mRNA的标志物（CIBERSORT Pearson的r1 = 0.62为M1）有关。