1938年,第三十一军在上海、鄂东地区、津浦线上、淮河两岸对日作战中伤亡惨重,李、白将第三十一军剩余士兵拨给第四十八军,其余干部则命韦云淞率回广西重组,蒋文度也随之回到广西。
1939年1月,桂系在广西建立第四十六军,军长先由夏威兼,后何宣接任,蒋文度因在徐州会战中所表现出的组织能力,被白崇喜破格提拔任第四十六军军务处上校处长兼柳庆民团司令部参谋长。
1939年11月15日,日军在长沙会战之后,为了切断中国桂越国际交通线,发动了桂南会战。日军自钦州港登陆前,蒋介石错误地判断短期内日军不可能在华南有大的军事行动。因此,中国军队在桂南的兵力很空虚,只有夏威的第十六集团军所辖2个军6个师,其中第四十六军军部驻南宁,新十九师驻防钦县、防城一带。该军第一七五师驻防合浦、北海一带,担负海岸防御,其余第三十一军的3个师和第四十六军的1个师,在贵县、桂平、平南一线。
11月9日,日军从三亚港启航。14日,先头舰只抵达北海,立即以10余舰发动佯攻。驻守北海的第一七五师一个营,给予日军以回击。中国军事当局命令防卫部队彻底炸毁北海市,幸而指挥北海保卫战的国军第四十六军第四十六师第五二四团团长巢威感到日军并非真要在北海登陆,没有执行命令,从而避免了对北海的彻底破坏。当晚,日舰停止对北海的进攻,转向钦州方向。防城企沙、龙门两地各一个营抵抗一天后败阵,日军登陆。16日,蒋介石命白崇禧以桂林行营主任资格全权指挥桂南作战。
17日,日军占领钦州、防城,并立即分兵北上。18日攻新第19师师部所在地小董,师长黄固准备不足,所辖军队又多是蒋文度不久前才招募的新兵,部队训练不够,触敌即溃散,师长本人只身逃脱,日军继续北上。由于中国军队在钦防地区的兵力单薄,邕钦路无守军,因此日军长驱直入,直逼南宁。这时广西省会已迁到桂林,驻守南宁的是第四十六军以及南宁区民团。省会未迁出之前,南宁人口已达10万人,省会迁出后,南宁的人口只有8万人左右。15日,日军在钦州湾登陆后,日军飞机不断到南宁上空骚扰。警讯传来,蒋文度随军长何宣率部向钦州方向防守。蒋文度因是军务处长,白天需要与地方协调战时动员工作,根本没办法照顾家属何丽贞,只好让她白天即随城内的军官家属到郊外躲避,天黑后才又返回城内。22日,日军兵临城下,第四十六军调第一七0师在三兴村的豹子头与日军交锋。
24日,日军迅速突入南宁城内。当时,蒋文度随军部指挥第一七0师与强渡邕江的日军进行激烈战斗。此时,日军第九旅团一部又从西乡塘附近渡过邕江。守军第一三五师受到日军夹击,自行撤退到邕武路一塘至二塘一带,南宁城遂陷落。25日,蒋文度随第四十六军军部与第一七○师向高峰隘撤退。12月1日,日军攻占高峰隘。三日后,攻占昆仑关,此后,转入防守。日军占领昆仑关后,中国军队从湘、粤、黔急调19个师来广西,想乘日军立足未稳,先行收复昆仑关,然后收复南宁。12月上旬,部分部队在宾阳地区集结完毕,白崇禧设指挥所于迁江县(今来宾县)扶济村
18日,中国军队向日军开始总攻击,当日凌晨1时,主力北路军第五军荣一师从正面向昆仑关日军攻击。19日,蒋文度所在的第四十六军第一七○师主力攻击高峰隘,该师一部向邕宾路的四塘前进。12月31日,北路军攻克昆仑关,日军退守九塘。1940年1月6日,日军退八塘凭险固守。中国军队因伤亡过重,急待整补,暂停攻击。昆仑关争夺战,毙伤日军中村正雄少将旅团长以下4000多人,中国军队伤亡1.4万多人。
桂南会战中,国军以绝对优势兵力,虽然取得了昆仑关反击战的惨胜,但毕竟丢失了南国重要的军事战略要地南宁,虽胜犹败的结局,引起蒋介石的震怒。白崇禧督率不力降级;政治部长陈诚指导无方,降级;第三十七集团军总司令叶肇扣留交军法会审,一些将领被撤职查办。蒋文度所在的第四十六军因作战顽强,受到蒋介石的特别嘉奖,军长何宣被记功一次。
