一款操作简单、快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具---UALCAN 。 UALCAN (http://ualcan.path./index.html)是一个基于PERL-CGI、javascript和css所搭建的,能够有效进行癌症数据在线分析和挖掘的网站。它主要是在TCGA数据库中的相关癌症数据进行分析,帮助医学人员对相关基因进行biomarker鉴定、表达谱分析,生存分析等等,还可以通过相关链接查询其他数据库中的相关信息。 具体功能如下:
进行泛癌基因表达分析; 一起来开始探索如何使用吧! 网址:http://ualcan.path./index.html TCGA analysis 进入首页,点击TCGA analysis数据分析页面。 后往下拉可以看到: 功能一 Scan by genes Scan by genes可以直针对筛选出的目标基因进行表达鉴定、biomarker的鉴定、生存分析等等。例如此处选择一个目标基因S100P举例(如果研究多基因的话要用英文逗号隔开): ①输入框中输入S100P ②选择研究的癌症类型Thymoma, ③点击Explore,结果如下: 针对输入的基因将跳转出相关可分析项目:表达分布、生存分析、相关性分析,以及基因在其他数据库中的信息链接等。点击其中表达效果图如下: 基因表达谱 Kaplan meier图 甲基化水平 功能二 Scan by gene Classes 在基因分组中,我们看到有各种类型的gene class,通过查询可以获得预编译的基因类。 也就是说,我们可以直接查看这一类基因在TCGA中的数据情况,这里我们以KEGG为例,选好后直接单击explore,这是我们看到的结果(部分): 左侧是基因名,移到后会显示基因在不同肿瘤中的表达和预后结果,UALCAN列出了所有的激酶编码基因,并显示了它们在不同癌症中的表达状态和生存效果。右边是数据库链接,最上面的search for genes还可以直接对这个表格里面的基因进行搜索。 可以点击这些链接中可以进行可视化表达和生存配置文件 可根据需求在右上方选择需要的图表类型 其实UALCAN数据库的逻辑也是值得学习的。表达差异,生存分析,甲基化,相关性等,也是我们生信分析的思路。希望大家好好掌握,今天就到这里,更多内容请持续关注本公众号。 |
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