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miRNA是重要的转录后基因表达调控因子，并在各种生物学过程中发挥关键作用。据报道，miRNA的异常调控与多种疾病的发生和发展有关，包括癌症，心血管疾病等。但是潜在的机制仍然难以明确，部分原因是转录因子（TF）-miRNA调控的数据是比较缺乏。这个时候，TransmiR数据库就显得十分重要了。 不同物种中文献记载的TF-miRNA调控数据分布 TransmiR是收集转录因子（TF）-microRNA（miRNA）的数据库，通过它我们可以找到TF和miRNA之间的调控关系。TransmiR从1045个出版物中手动整理了2852个TF-miRNA条目，并包括了源自ChIP-seq的TF-miRNA数据。目前，ransmiR v2.0包含3,730个文献策划的TF-miRNA法规，涵盖约623个TF，约785个miRNA，19种生物和1,349种出版物。此外，还提供了来自5种物种的ChIP-seq证据得出的1,785,998 TF-miRNA信息，详细注释了所有TF-miRNA内容，还包括来自miRNA目标数据库TarBase和miRTarBase的经过实验验证的miRNA-TF反馈信息。 TransmiR http://www./transmir 以下从5个部分进行介绍TransmiR的使用： 01 SEARCH 这里可以通过miRNA或TF名称搜索数据库中的数据。 在搜索框我们可以看到TransmiR v2.0提供了非常多的物种，接下来还可以选择转录因子和microRNA的+全名/部分名（即分别为精确模式和模糊模式）。然后可以将搜索关键字（TF或miRNA名称）输入到相应的空格提交查询即可。 本次以搜索转录因子ZEB1为例，返回内容如下： 可以看到，每个“搜索”结果将返回包括以下九个项目的条目，结果支持下载。各列对应内容如下： （1）TF名称-转录因子详细信息的链接 （2）miRNA名称-指向miRNA详细信息的链接； （3）TSS-microRNA基因转录起始位点； （4）TF结合位点-从ChIP-seq数据得出的TF结合位点的基因座标； （5）动作类型-指示管制类型：激活或抑制（当动作类型不清楚时，显示为“管制”）。对于每个条目，如果TF证明是它调节的miRNA的靶基因，则添加“（反馈）”。此类反馈miRNA-TF法规源自TarBase或miRTarBase中经过实验验证的miRNA靶基因； （6）SRAID / PMID-PMID链接到PubMed中的参考文献（用于文献管理法规），或SRA ID（用于ChIP-seq衍生法规）； （7）证据-TF-miRNA调控的可信度，包括1级，2级和文献资料。所有文献策划的TF-miRNA法规均注释为“文学”。基于所用启动子区域注释的可靠性，我们将源自ChIP-seq的TF-miRNA法规分为1级和2级（高通量实验数据支持2级启动子，请参阅常见问题解答中的Q.9。）; （8）组织-产生ChIP-seq数据的组织； （9）种类-TF-miRNA调控的种。 02 Network 这里方便我们以网络图的形式可视化TF-miRNA调控数据。 比如要浏览与一种miRNA相关的TF-miRNA调控网络，首先要单击“ miRNA”展开树结构，然后选择物种并选择感兴趣的特定miRNA，如下图。 每个TF-miRNA调控网络均由TF和miRNA作为其节点，而TF-miRNA调控和miRNA-TF调控则为其边缘。在网络视图中，可以用鼠标拖动节点，可以使用“ Ctrl +鼠标滚轮”操作放大/缩小。Firefox，Safari，IE9和Chrome浏览器都可以显示TF-miRNA网络。 03 ENrichmentanalysis 如果你有一个miRNA列表，并且想要找到对它们进行过度修饰的TF，来这里就对了。首先，将miRNA列表输入或粘贴到文本框中，也可以单击“ Example”按钮以加载示例miRNA列表。其次，设置miRNA类别的大小，这种选择将miRNA类别的大小限制在一定范围内。第三，选择最低的置信度，2级数据仅限于实验数据支持的miRNA启动子，如果您希望更好的严格性但对分析结果的覆盖较少，则应选择“设置级别2”选项。 示例如上，填写好以后单击“run”按钮以提交查询。最后我们可以在新的表格页面中浏览富集分析的结果，其中显示了miRNA类别（即调节TF）和相关的统计信息（P值，Bonferroni，FDR等）。
04 predict 这里可以基于人的TF的结合基序矩阵查询预测的TF-miRNA调控，这一模块提供了通过转录因子和microRNA的全名/部分名（分别为精确模式和模糊模式）查询预测结果的功能。 指定输入类型（TF或miRNA）和搜索模式（精确或模糊），然后可以将搜索关键字（例如“ ZEB1”）输入到相应的空格并提交查询。
每个“搜索”结果将返回包括以下八个项目的条目：TF名称、miRNA名称、TSS（miRNA的转录起始位点）、TF结合位点、动作类型-指示管制类型：管制（对如果TF证明是它调节的miRNA的靶基因，则添加“反馈”。此类反馈miRNA-TF法规源自TarBase或miRTarBase中经过实验验证的miRNA靶基因）、证据-（TF-miRNA调控的置信度，包括1级和2级）、得分（每个结合位点的原始得分）、Z分数。
05 download TransmiR可以下载基于文献的不同种类的TF-miRNA调控数据、不同物种的所有证据水平的TF-miRNA调控数据。
综合来说，TransmiR=还是十分有趣的。除了查询和预测转录因子-miRNA外，和其他的转录因子数据库相比有netwok和富集分析模块，它显示了每个TF和miRNA或特定疾病的TF-miRNA调控规则，和预测可能调节感兴趣的miRNA列表的TF。 References： Wang J, Lu M, Qiu C, Cui Q. TransmiR: a transcription factor-microRNA regulation database.Nucleic Acids Res. 2010, 38 (Database issue):D119-22. Tong Z, Cui Q, Wang J, Zhou Y. TransmiR v2.0: an updated transcription factor-microRNA regulation database. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D253-D258. |
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