|
GEO2R是GEO在线分析工具，基于此工具可以对部分GEO样品数据进行基因差异表达分析。该工具主要针对芯片数据，借助R 及Limma包完成分析过程，用户只需要在网业上进行简单的点击等手动操作即可获得分析结果。 以下内容，将利用案例数据GSE106876 （B细胞淋巴瘤9个样本数据）进行演示。 GEO2R分析页面 通过GEO主页Tools，点击Analyze a Study with GEO2R，可进入GEO2R分析页面（网址：https://www.ncbi.nlm./geo/geo2r/），页面显示如下图A。 在搜索栏中输入GEO accession 搜索需要分析的数据，注意，登录号只能是GSE登录号。以GSE106876为例，搜索结果如下图B。若对应的GSE数据不能利用GEO2R在线工具分析，网址会进行提示。
差异分组 搜索出所有样品之后，选择Define groups，选定差异比较分组的样品（如果是多平台数据，请先确定平台）。在Define groups下拉输入框中，先输入control，点击Enter键，确定第一个分组，同样输入第二个分组tumour，设定第二组。（注意先后顺序，对照在前，处理在后）。 选中样品之后，点击分组（control or tumour），例如案例中control选中了三个样品，tumour选中三个样品，具体见下图。
设定分组之后，点击Top250，可以依据网址的默认设置参数，进行差异分析，并显示分析结果的前250个（如下图）。列表结果中会显示出计算的相关数据，包括P值，logFC，以及相关的基因信息等等，而通过页面Save all results，可以针对所有的数据分析下载保存，不限于Top250。
点击左侧单个探针ID,可以查看到该ID对应数据变化的分布情况，如下图所示,由样本数据中该探针对应的表达量变化图片，结合logFC 值-3.68,可以看到，该探针对应的基因出现了下调（P.adjust=0.0256）。
数据分布 基于选中的六个样品，选择Value distribution，点击veiw，可以查看该六个样品的数据分布情况，显示结果为box 分布图（如下图）。如果需要所有样品的数据分布图，删除分组设置即可。
参数修改 点击Options，可以进入差异比较的参数设置页面（如下图），可以对P值矫正方法，数据转换方法，以及相关信息显示进行修改。
其他 此外，还可以通过Profile Graph 查找单基因表达谱，以及通过R script，查看改组差异分析对应的R代码。 |
|
|
