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解螺旋公众号·陪伴你科研的第2513天 又一神级数据库。 染色质可及性是识别调控元件过程中有高度信息量的一种结构特征，它提供了大量关于转录活性和基因调控机制的信息。 随着测序成本的降低，加上大家都关注新技术，人类ATAC-Seq数据也迅速积累起来了，全面收集和有效处理这些数据，可以提高数据利用率，同时也方便了大家，省钱省事还有大用！对疾病研究机制是转录因子方向的同学来说，更是神器！ 2020年10月30日，国际著名期刊《Nucleic Acids Research》（影响因子11.5分）发表了哈尔滨医科大学李春权教授课题组开发建立的人染色质可及性数据库——ATACdb数据库。ATACdb提供大量关于人染色质可及性数据的公开资源，并以特定组织/细胞类型的方式进行注释并说明了潜在的作用。 当前版本的ATACdb从1400多个ATAC-Seq样本中记录了总共52078883个区域，并提供染色质可及区的详细遗传注释，包括超级增强子、典型增强子、转录因子(TF)、常见单核苷酸多态性(SNPs)、风险SNPs、eQTL、LD SNPs、甲基化、染色质相互作用和TADs。特别是，ATACdb还提供染色质可及区内TF足迹（footprints）的精确推断。 ATACdb数据库网址为：http://www./ATACdb 进入主页后，网站给大家介绍了数据库的概况，下方还有ATAC-Seq的原理简图及ATACdb提供的分析内容。 下面本工来给大家逐一介绍DATA-BROWSE、SEARCH、ANALYSIS、GENOME- BROWSER、DOWNLOAD这几个部分。 1 Data-Browse模块 这部分对ATACdb的数据进行了展示，并提供“Biosample type”、“Tissue type”、“Cancer type”、“Biosample name”4个选项供大家过滤筛选数据。这个四个选项右上角有一个抽屉样的标志，点击可释放更多选项供大家选择。 其中，“Biosample type”为样品的细胞类型分类，包括组织、细胞系、干细胞、原代细胞、诱导多能干细胞系；“Biosample name”为细胞/组织/细胞系名称、治疗条件、处理时间组成。 大家也可以在Search的搜索框里输入大家研究的细胞系或者组织器官名称。 找到样本后点击进去，首先看到是样本的overview，包括了样本的基本信息如组织类型、可及性区域数目等等，还有可及性片段在染色体上的分布图和质控结果。 然后是可及性区域上的包含信息概况，如区域位置、长度、鉴定区域时的pvalue、包含的common SNP数目、超级增强子（SE）、经典增强子（TE）、Risk SNP、eQTL、甲基化位点、染色体相互作用，还在最后提供UCSC和ACACdb自带的基因组浏览器来查看相关信息。 然后ATACdb对TF footprints的数据进行了汇总和统计，大家可以根据不同的条件进行过滤和筛选，查看自己的转录因子的结合情况。 ATACdb还对鉴定到的peak进行了注释，A图是注释到的基因组特征，B图是peak结合到转录起始位点（TSS）区域的情况。点击图片可跳出高清大图。 2 Search 在这个模块，用户在ATACdb可根据转录因子、目标基因、基因组位置以及组织分类4种检索模式来进行检索。我们以转录因子为例来给大家介绍下。 大家在搜索框输入转录因子EGR1后，即可跳转到结果界面。 ATACdb在overview部分给大家介绍了TF的概要及用TF footprint分析鉴定到的在不同组织中的分布。在TF footprint部分，ATACdb展示了在不同组织和样本中转录因子的结合情况。 ATACdb还展示了转录因子EGR1所结合到的染色质区域。 以及转录因子EGR1相关的疾病。
以及转录因子EGR1在不同数据库中记录到的在不同组织/细胞中的表达高低情况。
3 Analysis 这个模块可用来分析两个不同组织来源的细胞测序结果，以比对寻找两者的差异或者重叠的区域。
也可用来寻找两个转录因子结合的重叠区域。
可以得到如下结果，然后大家再根据自己的实验需要在Search框里过滤筛选自己感兴趣的区域和数据。
4 Genome-Browser 在这个模块，大家可以通过选择样本和设置染色体及其区域直接查看相关染色质可及性数据，需要提醒的是ATACdb的这部分功能是基于hg19的基因组版本来构建的。
5 Download 在这个模块，大家可以通过右下角的搜索框过滤筛选样本和数据，然后点击箭头即可下载每个样本的也可以下载所有的数据。
关于这款优秀的国产数据库的介绍就到这里了，ATAC-seq作为一个问世不到8年的技术，相信对各位做实验的同学来说，大有可挖掘之处！祝大家都能用好工具，发好文章！  国人友好的5分SCI大扩刊，一个多月就接受，新毕业神刊？肿瘤转移的百般花样儿，都逃不过这篇顶刊重磅综述的火眼金睛！ |
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