微生物多样性测序(扩增子测序)是基于二代高通量测序对16S/18S/ITS等序列进行测序。可以同时检测样本中的优势物种、稀有物种及一些未知物种的检测,获得样本的微生物群落组成以及相对丰度。 相信关注我们的小伙伴对此并不陌生。 这次我们整合了大家平时会遇到的一些问题,在原有的基础上对报告进一步完善。 报 告 全 新 升 级 报 告 基 本 目 录 报告左侧有一个基本的目录,可以预览整个报告结构。 想知道总体结果?先看这 项目概述 重要指数 : ★★★★★ 这部分内容必看。 主要是汇总信息,包括样本数据量,测序质量,重复性效果评估,分组信息,组间差异评估,代谢途径上差异,功能预测等。 这里会给出本项目中的一些重要提示,帮你从众多的报告信息中获取关键的部分。 这部分内容提示有助于迅速掌握整个报告结果 实验、分析流程怎么写? 技术介绍 重要指数 : ★★★ 技术介绍这部分内容,就是说我们基于是怎么样一个测序平台、什么方法来获得的最后的数据。 如果你担心 这么直观的报告, 会不会不够详细? 小问号里有宝藏! 数据质量怎么样 OTU/ASVs结果统计 重要指数 : ★★★★ 这部分内容主要是数据统计的图表: Raw-tags: 样本的原始序列数据 Singleton:无完全匹配的单条序列数量 tagsmatchedASVs:比对到最终ASVs的序列数据 ASVs:以及ASVs的种类个数 参数自由选择 图片灵活生成 物种注释及构成 重要指数 : ★★★★ 经过SILVA138数据库的注释,得到ASVs的物种注释结果。 这一部分可以看到每个样本的物种构成比例,Taxonomic Level 可以选择Level1 ~ Level7 界门纲目科属种,不同分类水平下的物种构成。 这里选择level2就是“界”层级(可根据需求自选),另外比如选一个groups分组,如下: 柱状图太宽?太窄? 一拉即可调整! 同时给出了各分类水平的相关原始数据,可以到对应路径进行查看。 表格任意排序 3D动图自由切换 多样性分布结果 重要指数 : ★★★★ α多样性 评估单个样本内的物种构成的丰度情况 使用Qiime2进行α多样性分析,分别计算获得simpson,ace,shannon,chao1以及goods_coverage数据统计结果。 β多样性 通过降维的方法来考察样本与样本之间的相似度和关系,种属构成特征。 三种聚类方式: Beta多样性PCA、非加权距离的PcoA、加权距离的PcoA的3D图。 附录里都藏了Big彩蛋 软件操作,问题解答应有尽有 STAMP,Qiime2等 目录 一目了然,再也不怕找不到文件 最后: 我们提供的基础分析包括以下所有内容: 1 END 1 |
|
来自: 谷禾健康 > 《微信公众号:谷禾健康》