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因此饮用水消毒是防止肠道疾病的一种重要措施 
通过加热使水温度升高来达到消毒杀菌的作用，这就是我们平时生活中的烧开水，这种消毒方法效果可靠，也很方便，从古至今，仍是我们日常生活中比较常用的一种方法。
漂白粉是一种广泛用的消毒剂，主要成分是次氯酸钙。漂白粉遇水产生极不稳定的次氯酸，易分解产生氧原子和氯原子，通过氧化和氯化作用，产生强大迅速的杀菌作用。漂白粉能杀灭细菌芽孢、病毒及真菌，常用于自来水的消毒。
臭氧是现阶段净水处理工作中应用最为广泛的净化物质，臭氧用于饮用水处理，除灭菌效果好，无二次污染外，还兼有脱色、除味，去除铁、锰、氧化分解有机物和助凝作用，它对氧化、脱色、除味、漂白、杀菌方面的广泛应用，臭氧溶解于水中，几乎能够消杀水中一切对人体有害的物质，比如铁、锰、铬、盐、酚、苯、氧化物等，还可分解有机物及灭藻等。国际卫生组织对其灭菌功效曾进行了归纳比较，认为臭氧与其他性质杀菌剂对大肠杆菌的杀灭效果依次为：臭氧 > 次氯酸 > 氧化氢 > 银离子 > 次氯酸根 > 高铁酸盐 > 氯胺0。
紫外线采用物理消毒（紫外线UVC）工艺,以紫外线消毒杀菌为消毒原理的紫外线消毒器,可广泛用于饮用水、游泳池、医院污水的消毒；消毒、农村生活饮用水消毒灭菌灭藻；食品消毒、居民生活小区饮用水。当水或空气中的各种细菌、病毒经过紫外线（253.7nm波长）照射区域时，紫外线穿透微生物的细胞膜和细胞核，破坏核酸（DNA或RNA）的分子链，使其失去复制能力或失去活性而死亡，从而能达到不使用任何化学药物的情况下杀灭水或空气中所有的细菌、病毒。紫外线消毒器杀菌器设备装置为过流式，杀菌速度快、效率高、效果好，按水处理要求照射数秒钟，就可消灭水中细菌，灭菌率99.99%。
过滤消毒工艺中，反渗透法应用的较为常见，处理效果也更好，被广泛应用于桶装纯净水、小区直饮水、家用直饮水、工厂直饮水等场合。过滤原理是在半透膜的原水一侧施加比溶液渗透压高的外界压力，原水透过半透膜时，只允许水透过，其他物质不能透过而被截留在膜表面的过程。反渗透方法可以从水中除去90 %以上的溶解性盐类和99 %以上的胶体微生物及有机物等。尤其以风能、太阳能作动力的反渗透净化苦咸水装置,是解决无电和常规能源短缺地区人们生活用水问题的既经济又可靠的途径。反渗透淡化法不仅适用于海水淡化,也适合于苦咸水淡化。现有的淡化法中,反渗透淡化法是最经济的,它甚至已经超过电渗析淡化法。由于反渗透过程的推动力是压力,过程中没有发生相变化,膜仅起着“筛分”的作用,因此反渗透分离过程所需能耗较低。在现有海水和苦咸水淡化中,反渗透法是最节能的。反渗透膜分离的特点是它的“广谱”分离,即它不但可以脱除水中的各种离子,而且可以脱除比离子大的微粒,如大部分的有机物、胶体、病毒、细菌、悬浮物等,故反渗透分离法又有广谱分离法之称。
反渗透法具有无相态变化、常温操作、设备简单、效益高、占地少、操作方便、能量消耗少、适应范围广、自动化程度高和出水质量好等优点。饮用水源水易受到污染，管网水在输送的过程中也可能受到微生物污染，因此，需进行消毒以清除或杀灭病原微生物及其它有害微生物，确保居民饮水安全。
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