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恩格斯说：“蛋白体是生命的存在方式，发展的基本条件。蛋白体内部的同化和异化、遗传与变异的矛盾运动，即新陈代谢、自我繁衍是生命发展的根本规律。”
蛋白质是生命存在的基础，但是蛋白质还不是生命本身，同样结构的蛋白质，有些是有生命的，有些是没有生命的。
如果把生命比作有一定功能的电脑或机器人，那么蛋白质好比是电脑的硬件，生命是正在电脑硬件上运行的软件。
软件运行有一定的基础条件，如基础电压等。生命运行需要适当的的空气、温度、湿度，新陈代谢需要外界提供的能量、信息，自身要有与外界环境交流的感觉器官，新陈代谢系统、进程控制预案、防御功能、自救功能、自愈功能、内部指挥协调功能、自主学习演化功能等。
上述这些生命的功能是植物和没有大脑和神经系统的低等生物就具有的，属于生命的基本功能。生命的总指挥机构在哪里我们一无所知，我们只能猜想，其与每个细胞的联系可能是在细胞间隙的细胞液中以基本粒子或波的形式进行，也可能以蛋白质周围生物场的形式进行，让生命体的所有细胞采取协调一致、有目的地行动。
电脑操作系统停电后在运行的内存中消失，通电后可以重新加载运行。生命只能启动一次，死亡后即使蛋白质结构不变，外界条件不变，生命也不能复生。
对于生命这个软件是如何在蛋白质之运行的，这个智慧的复杂系统的具体情况，我们还知之甚微，只能通过一些现象间接地推测。
生命可能是依附于特定蛋白质的生命场，每个生命是一个完整、独立、复杂的生命场系统，其内控系统可能主要以光子、电子等有波粒二重性等量子对特性的基本粒子运动、联系方式构成和运行。生命系统结构、机理之智慧、精巧、功耗之微、效率之高是我们现有的科技水平难以想象、望尘莫及的。 基因中蕴藏着生命的遗传信息，蛋白质链的不同折叠形式也可能蕴藏着遗传信息。蛋白质链的不同折叠形式也可能是有无生命的重要标志。每个有生命的蛋白质周围会有生命场，它们是高级生物整个生命体的组成部分，高级生命体有一个既能按预定程序，又能依据环境现实情况集中统一指挥、协调生命体上所有蛋白质一致行动的生命场，这个生命场的存在形式、运作机理我们还几乎一无所知，只能依据宏观现象进行推测。生命场是否正常、强大，决定生命力是否正常、强大。中医关于气的猜想也可能就是现代科学所猜想的生命场。 我们已经能够绘制人类基因谱，但这只中是我们在探索生命奥妙的万里长征走出了第一步。它们还属于存储于硬盘中的操作系统代码，与正在系统内存中运行的操作系统有本质的区别。
破解这些代码与生命运行程序之间的对应关系，可能比破解编译后有天文数字字节的操作系统程序代码任务更艰巨。
生命运行的内存在哪里，我们除了能看到用广谱相机拍摄的照片中围绕生命体的一团雾状生命场，几乎一无所知，更别说正在运行的复杂的操作系统的具体结构等情况了。
我们应该有自知之明，我们可以用自然的方法创造无数生命，可以绘制人类基因谱，但是可以预见的未来，还没有智慧用人工方法创造一个能在蛋白质上运行的活的生命。
我们应该敬畏大自然经过几十亿年演化形成的生命的智慧，在我们对生命的结构和运行机制几乎一无所知的情况下擅自修改生命代码，在医学上采用对抗疗法，无异于盲目蛮干，不仅难以收到持久有效的结果，甚至可能会南辕北辙、弄巧成拙，为此付出沉重的代价。
李宁先：我们对生命本质的了解还处于在大海边捡到几片贝壳的水平。中医是有几千年临床实践经验的实验科学。
樊代明说：医学关乎生命。什么是生命？从哲学上讲，生命本身不是物质，而是物质的特殊表现形式。但生命相对于它所承载的物质而言更加难以捉摸，生命现象是目前人类最难解释的奥秘。
韩启德说：面对特殊的巨复杂生命系统，当前主导现代医学研究的还是细分还原论模式，这样的研究模式有两方面的局限性。
第一，从人体组织还原到细胞、蛋白质分子、氨基酸、肽链、DNA、原子、微观粒子，细分是无限的。施一公通过先进的计算方法，观察到某些重要蛋白质分子里原子的活动变化。下一步需要还原到量子？王晓东说，对于医学，看到分子已经足够解决问题了。但我们回顾历史，我们的前人当时看到人体的内部器官结构的时候就认为已经够了，后来说要到组织，再后来又说不行，要到细胞，现在到了分子，说还不能解决，还在不断地还原。
存在不存在非物质的信息呢？中医的经络系统是什么呢？没有人能否定中医针灸的作用，但有有没有经络呢？经络看不见摸不着，究竟是什么么呢？还原是无穷无尽的。
还原论模式的第二个局限，是还原以后几乎不太可能把它整合起来。现代医学取得的进步部分是碰运气让还原取得的成功。还原到越细，整合越困难。为什么？因为系统一旦被分割，会丧失信息，还原程度越高，信息产生的失真越严重。
随还原论模式而来，产生了一个临床实践问题，就是学科分割越来越细，分了外科以后还要分胸外科、神经外科、普外科、骨科，分了内科以后还要分心内科、神经内科、血液科、呼吸科等等，即使在普外科里，还要分肝胆胰、肠胃等等。
肚子疼去医院挂什么号？多数同学认为挂内科，但是与消化内科、心电图、内科、产科、骨科、CT都有关，一个急症外伤病人送进急症室，工作人员让去挂六个科的号，因为病情牵涉到6 个科。这是还原论研究模式反映到临床医学造成的。樊代明倡导建立“整合医学”。肚子疼将来能不能成立一个“肚子疼科”呢？再分别成立头痛科、腰背痛科？似乎也不行，这是个难题。
还有一个麻烦的事，现代医学碰到了循证医学的困境。看病要有证据，经验不限于个人，还包括集体的经验，制定出临床指南。但人是有个体差异的，有研究表明，医生依据指南开的处方59%是无效治疗。即使经过临床流行病学和统计学得到循证结果，也还只是群体概率，应用到每一个病人的时候，究竟是在这个概率之内，还是概率之外，还是需要医生的大量经验来补充，最后做出判断。
临床决策依然无法完全依靠现代科学的实证与量化分析，需要传统医学的整体观和经验性方法。
医学还不是一门可以用数学精确表述的比较成熟的学科。美国一位医学院院长对学生说，你们今天在学校学到的知识十年后会发现有一半是错的。100年前使用的化学药物今天已所剩无几，98%以上都被临床实践证明弊大于利而停止使用了。100年后我们今天正在使用的药物是否也会是同样的结果呢？
在我们对生命的本质、结构和机制还不甚了解的时候，现代医学的本质上也只能是实验科学，但是时间更短，经验更少。
中医等自然疗法是有几千年临床试验经验的实验科学。绝大多数天然植物性药物至今仍被证明是有效的，被广泛使用。李宁先说，几千年的中医药临床经验是先人留下的宝贵财富。伟人说，中医药是中华民族对世界的的第一大贡献。
实验科学的本质是在不了解黑箱中加工环节机理的情况下，通过大量经验数据找出不同输入与不同输出之间统计学意义上的因果关系。主要通过实践认识的多次反复，采用交换、比较、反复的科学研究方法，不唯上、不唯书、只唯实的科学思想方法。
辩证的整体论、系统论思想方法，比仅用严格遵循形式逻辑的单因素细分还原法更符合生命这个开放的复杂系统的实际。
生命的正常运行需要一些必要的条件，如清洁的水分、空气、温度、阳光，提供能量的营养素，动物还需要适当运动、休息睡眠、遵循昼夜和四季节律，人类还要保持平和乐观的心态，正常的人际关系、信念和世界观等。
这些必要因素有些是相互影响的，如果某一项或几项长期不正常，都可能影响生命的正常运行和发展，抑制、扰乱和破环生命的内部控制系统，迫使其启动一些救济机制，很多救济机制正是所谓疾病的症状。
在上述因素中，物质因素是基础，决定精神方面的因素。精神因素在一定的条件下也会反作用于物质因素。
在物质因素中，以提供能量为主的宏量营养素、以提供身体必须的矿物质、活性生化物质、纤维素等为主的微量营养素、营养密度、净营养吸收率、个体吸收效率和消耗差异等都因素，应该综合考虑，不能只考虑食物数量一个因素。
当前宏量营养素过剩和微量营养素不足，动物性食物、人工合成和提纯的物质过多，天然、完整、新鲜的植物性食物不足，是导致营养不良的主要矛盾。
清洁的空气、水分，适宜的温度、阳光、运动，正常的生活节律、心态等基本生存条件不能满足，会抑制和扰乱身体的内控系统。身体无法代谢的过量营养也会转化为有害物质，扰乱和破坏生命的内控系统，这些都可能是导致各种慢性疾病的根源。
不避免这些有害因素，身体的内控系统没有恢复正常，药物和物理疗法都难以取得持久有效的结果。很多疾病症状，如疼痛、咳嗽、呕吐、腹泻、发烧、长疮、高血压、高血糖、自体免疫性疾病、免疫风暴等，甚至包括癌症，有些症状本质上是生命的求救信号或自救行为。
如果导致症状的根源没消除，单纯采用对抗疗法，止疼、退烧、降压、降糖，割除、用激素抑制免疫功能，逆生命控制方向而动，可能暂时掩饰和缓解症状，能够救急，但难以持久，疏通的血管、经络还会再堵塞。因为对抗疗法本质上无异于掩耳盗铃，饮鸠止渴，按下葫芦浮起瓢，可能对身体造成新的、更多、更严重的伤害。现在药物副作用已经成为继心血管疾病和癌症之后导致死亡的第三大原因。
自然疗法和现代医学都认为，人体微环境恶化是产生癌症，癌细胞对Car-t免疫疗法产生逃逸现象的根源，但应对的方向却南辕北辙。
自然疗法从改造微环境入手。有些中医用膏药协助内脏排毒时背上会排出大量含有废料脓液，葛森疗法有效时会有长疮、腹泻等排毒好转反应过程。微环境正常了身体控制系统自然会失去启动癌症救济机制的动机，癌症治愈的奇迹就可能出现。
现代医学则从微观上阻止癌细胞免疫逃逸的信息传递入手，来解决免疫逃避问题。微环境恶化问题没解决，癌症复发只是个时间问题。
决定战争胜负的关键是战略和指挥机关，而不是某个士兵。决定健康的是生命的整体系统能否正常运行，而不是某个微观结构、蛋白质、氨基酸、肽链、细胞信息受体。内外环境因素才是决定遗传信息是否表达的决定性因素。
只要给身体提供必要的生存条件，避免侵害，身体有智慧逐步治愈疾病，健康地生存、发展。采用以健康饮食为主的生活方式医学，给身体提供生存的各方面必要条件，从源头上避免对身体的伤害，顺应生命控制方向，消除生命控制系统启动各种求救信号和自救行为的动机和意愿，才能使身体的各种内控功能恢复正常工作，慢性疾病才能真正治愈。
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