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基因组项目中基因预测是最重要的一个部分，目前常用的策略有三种，分别为从头预测，基于转录本预测，基于同源蛋白预测。 对于基于同源蛋白预测，最常用的软件是genewise软件。软件的特点是精度较高，但是运行超级慢。在处理整个基因组时，首先利用blast比对，将大致基因区域筛选出来，然后再用genewise进行预测。 本文主要介绍如果利用genewise工具进行单个基因和蛋白的预测。 1 输入文件
第一个文本框中粘贴或者导入蛋白序列。第二个文本框中粘贴或者导入dna序列。 2 参数调整 这里的参数大多为模型的选择和最终输出格式的样子，如果你不是很了解的话，建议默认就可以啦。我也测试过选择不同的参数，最终的结果除了格式不一样，其他的都一样。 3 运行 点击submit之后 显示的界面，正常情况下大概2~3分钟，就可以得到结果啦。 4 结果解读 对于genewise得到的结果，个人认为最重要的是两个信息，第一个是比对的得分，第二个是有没有在序列中间出现提前终止。 |
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