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目前代谢组主要有以下三种检测方法：液相色谱-质谱联用技术（LC-MS）、气相色谱-质谱联用技术（GC-MS）、核磁共振技术（NMR）。可以根据经费、物质性质、实验、样本类型、研究目的等方面，综合考量平台。 由于代谢物种类多，浓度差异大，往往更适合使用高分辨率、高灵敏度、高通量的质谱检测平台。质谱平台的选择一般可根据检测代谢物的类型和理化性质，选择不同的电离模式和质量分析器，从最大限度的获取代谢物信息。而NMR平台由于灵敏度较低，鉴定的物质比较少，应用并不广泛。当然，目前任何一种平台都没法覆盖全部的代谢物。 从经费角度来看，经费充足情况下，建议GC-MS和LC-MS都做，一般两种方法检测到的物质会有部分重合。GC-MS运行成本低于LC-MS。 从物质鉴定数量角度来看，一般更建议使用LC-MS平台。在做非靶向代谢时，由于LC-MS前处理简单，无需衍生化处理，通常鉴定到物质种类数更多，应用更广泛。 从重复性角度来看，GC-MS结果的重复性较差，衍生化处理将增加样品的不稳定性，导致重复性较差。 从物质性质角度来看，待测的代谢物分子量比较小或者关注挥发性物质时，可以选择GC-MS平台。 从样本类型角度来看，植物、土壤样品，可考虑用GC-MS，这与检测物质类型多为挥发性物质有关；液体或动物组织（包括人临床样品）多用LC-MC，一方面因为样品中的待测物质成分复杂，而LC-MS 适用性广，能全面覆盖到；另一方面LC-MS灵敏度高，能检测到更多物质。 |
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